Mots-Clés

cancer données multimodales histologie biologie spatiale génomique

Description

Ingénieur·e en bioinformatique et Ingénierie des Données

L’équipe de recherche en génomique translationnelle GeNeHetX (Génomique Translationnelle de l’Hétérogénéité des Néoplasies Pancréatiques) recherche un·e ingénieur·e motivé·e, spécialisé·e en bioinformatique et/ou en ingénierie des données, pour contribuer au traitement, à la gestion et à l’analyse de données multimodales issues du soin pour améliorer la prise en charge et mieux comprendre lecancer pancréatique.

Le carcinome du pancréas (adénocarcinome canalaire pancréatique) est un des cancers les plus agressifs, avec une survie à 5 ans de moins de 10 %. Cette tumeur particulièrement hétérogène présente un certain nombre de caractéristiques à l’origine de son agressivité, notamment un tissu tumoral complexe associé à une fibrose abondante. Notre équipe regroupe une expertise en génomique, intelligence artificielle, biologie et pathologie computationnelle dans le but de décrypter les mécanismes de la progression tumorale et de la résistance aux thérapies.

Le ou la candidat·e sélectionné·e jouera un rôle central dans la génération et la gestion de ces données par le développement et le maintien de pipelines pour des données multimodales (ARN, profils cliniques, histologique, etc.). Le candidat aura pour mission de mettre en place et de maintenir un référentiel de données interne à l’équipe permettant la structuration des jeux de données issues de projets précliniques et d’essais cliniques nationaux et européens. Une attention particulière sera portée à l’ingénierie des données : automatisation des traitements, gestion de versions, traçabilité et standardisation.

Le travail sera réalisé au sein du groupe GeNeHetX à l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), au Centre de Recherche sur l’Inflammation (CRI, Paris), dans un environnement interdisciplinaire unique. L’équipe collabore directement avec les services d’anatomopathologie et de pancréatologie clinique de l’hôpital Beaujon (Clichy). Elle centralise et harmonise des données génomiques issues de plusieurs cohortes cliniques et projets translationnels.

Profil recherché

• Formation de niveau Master (ou équivalent) en informatique, ingénierie de la donnée, bioinformatique, ou disciplines connexes.
• Intérêt fort pour l’ingénierie des données biomédicales, le développement de pipelines et la gestion de données.
• Maîtrise des environnements Unix/Linux et bash, langage de gestion de pipeline tel que Nextflow, base de données type SQL, et traitement de données avec R ou Python
• Rigueur, autonomie, esprit d’équipe et sens de l’organisation des données

Durée du contrat : 6 mois renouvelables (possibilité de prolongation jusqu’à 12 à 24 mois)
Lieu : Paris (CRI – INSERM, Hôpital Beaujon)