Mots-Clés
Exome NGS
RNAseq
Analyse de données omiques
oncology
MSI
Ingénieur.e de Recherche / Post-Doc
NGS
Description
DESCRIPTION DU POSTE
Finalité du poste
Le ou la candidate jouera un rôle clé dans le développement et l’optimisation de pipelines bioinformatiques pour l’analyse de données de séquençage d’exome (NGS ADN) et d’ARN (RNAseq), dans le cadre de projets portant sur les cancers avec instabilité des microsatellites (MSI), en pan-Cancer.
Il/elle contribuera à l’identification de signatures génomiques et/ou d’expression dans le bulk tumoral, avec l’objectif de valoriser en particulier celles qui ont un intérêt clinique, e.g. outil diagnostique, prédicteur pronostique, nouvelle cible thérapeutique, dans le contexte de la médecine de précision de ces tumeurs aujourd’hui en plein essor.
Intégré(e) dans une équipe pluridisciplinaire, il/elle collaborera étroitement avec des chercheurs, praticiens hospitaliers et ingénieur.es déjà experts dans l’étude du modèle tumoral MSI pour valoriser une base de données unique portant sur plusieurs milliers d’échantillons tumoraux issus de patients avec un cancer MSI dont les profils omiques ont déjà été ou sont en cours de collection, et les données cliniques déjà disponibles.
Ce poste s’inscrit dans une démarche de recherche translationnelle développée par un centre labélisé par un label SIRIC (label d’excellence Inserm/Inca/DGOS), à l’interface entre bioinformatique, oncogénétique moléculaire et oncologie clinique.
Il représente également une opportunité de transfert de technologie vers une start-up innovante spécialisée dans la caractérisation des tumeurs MSI.
MISSIONS PRINCIPALES
Analyse de données génomiques et transcriptomiques :
Réaliser des traitements bioinformatiques de données de séquençage haut débit (notamment exome NGS, RNAseq), en mettant en œuvre des méthodes innovantes pour proposer une nouvelle vision de la maladie tumorale MSI, tant sur le plan moléculaire que clinique.
Le candidat aura à sa disposition des données omiques uniques, associées à des données cliniques, afin de revisiter la maladie tumorale MSI, son hétérogénéité moléculaire et clinique et mettre en avant de fait des read-outs bioinformatiques innovants qui seront d’intérêt en médecine de précision de ces cancers, en envisageant la problématique par organe ou au contraire de manière méta analytique, en pan-cancer. Les objectifs seront de contribuer à raffiner encore le diagnostic, la prédiction pronostique en réponse à différents traitements, ou encore mettre en évidence de nouvelles cibles thérapeutiques chez les patients résistants aux thérapies actuelles.
Développement de pipelines :
Concevoir, documenter et inventer des pipelines bioinformatiques performants et automatisés pour l’analyse de données génomiques.
Garantir leur compatibilité avec les standards de la recherche académique et leur intégration dans les projets en cours.
Interprétation et valorisation des résultats :
Analyser les résultats en lien avec les objectifs scientifiques du laboratoire.
Proposer des interprétations biologiquement pertinentes, et produire des visualisations claires et exploitables pour les chercheurs, dans la perspective de publications scientifiques ou de présentations.
Travail en collaboration scientifique :
Collaborer étroitement avec les membres de l’équipe (chercheurs, ingénieurs, étudiants) pour comprendre les besoins analytiques et proposer des solutions adaptées.
Participer activement aux réunions scientifiques et aux discussions interdisciplinaires.
Encadrement technique :
Accompagner des stagiaires, doctorants ou jeunes chercheurs dans l’utilisation d’outils bioinformatiques et l’interprétation de leurs données.
Respect des bonnes pratiques :
Appliquer les standards en vigueur en matière de gestion des données, de sécurité informatique, et de traçabilité des analyses.
Veille scientifique et technologique :
Se tenir informé(e) des évolutions récentes en bioinformatique, en génomique des cancers et en analyse des données NGS. Proposer des améliorations méthodologiques et technologiques pertinentes pour les projets de l’équipe.
RELATIONS FONCTIONNELLES
L’ingénieur(e) bioinformaticien(ne) travaille au sein de l’équipe de recherche dirigée par le Pr Alex Duval (CRSA, INSERM UMR-S 938), en interaction avec des biologistes moléculaires, des cliniciens, des pathologistes, ainsi que des chercheurs en biostatistique et en bioinformatique.
COMPÉTENCES REQUISES
Compétences techniques :
Maîtrise des langages de programmation tels que Python, R
Connaissances en génomique et biologie moléculaire
Analyse des données omiques (génomiques, transcriptomiques)
Développement de pipelines bioinformatiques
Maîtrise de l’anglais oral et écrit
Expérience dans le développement d’outils bioinformatiques
Compétences en communication
Connaissances en statistiques appliquées aux données omiques
Des compétences en IA/ML sont un plus
Expérience dans la gestion de projets bioinformatiques
Compétences comportementales :
Excellentes compétences en résolution de problèmes et analyse critique, avec une grande attention aux détails
Capacité à communiquer efficacement avec des équipes interdisciplinaires et des parties prenantes
Capacité à rester à jour avec les nouvelles tendances en bioinformatique et à proposer des idées innovantes
Esprit d’équipe et capacité à collaborer dans un environnement multidisciplinaire
Adaptabilité et curiosité scientifique
PROFIL REQUIS
Formation : Bac+5 (Master ou ingénieur) en bioinformatique, biologie computationnelle ou domaine connexe. Un doctorat serait un atout.
Expériences : 3 à 5 ans d’expérience en bioinformatique ou dans un domaine similaire, avec une expérience démontrée en développement de pipelines bioinformatiques et analyse de données.
Langues : Anglais technique, à l’oral et à l’écrit. Anglais courant est un plus.