Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

rna-seq dna-seq transcriptomics computational biologiy exomes crispr-cas9 genome WES WGS

Description

Nous recherchons un chercheur postdoctoral pour rejoindre une équipe à l’interface entre la biologie computationnelle et la génomique fonctionnelle. Le candidat contribuera à l’analyse de données de séquençage de nouvelle génération (NGS) issues de cohortes de patients humains, ainsi qu’à la validation fonctionnelle d’un gène candidat associé à une maladie. L’objectif final est de faire progresser notre compréhension des bases génétiques des maladies neuromusculaires héréditaires rares et de valider de nouveaux gènes en vue d’applications cliniques.

Missions principales :

• Analyser des données de séquençage génomique (exome/génome entier) et de transcriptomique (RNA-seq) humaines.
• Identifier et prioriser les variants génétiques associés aux maladies neuromusculaires rares.
• Intégrer des données multi-omiques pour renforcer l’identification de gènes candidats.
• Concevoir et réaliser des expérimentations fonctionnelles (CRISPR-Cas9, tests cellulaires, transcriptomique).
• Réaliser des analyses in silico, des techniques de biologie moléculaire (Western Blot, RT-qPCR), d’immunofluorescence, et traitement d’images (ImageJ).
• Rédiger des manuscrits scientifiques et contribuer à des demandes de financement.

Activités transversales :

• Collaborer étroitement avec les membres de l’équipe et des partenaires externes en génétique, biologie moléculaire et maladies neuromusculaires.
• Encadrer et accompagner les chercheurs juniors et stagiaires (formation aux protocoles, expertise bioinformatique).
• Présenter les résultats lors de réunions, congrès et éventuellement auprès des organismes financeurs.
• Participer à la rédaction de dossiers de financement et de rapports de recherche.

Profil recherché :

Maîtrise des langages de script (Python, R) et des outils bioinformatiques.
Connaissances solides en génétique humaine et biologie des maladies.
Une expérience pratique en génomique fonctionnelle (culture cellulaire, CRISPR, qPCR, Western blot…) est un atout.

We are seeking a highly motivated postdoctoral researcher to join a multidisciplinary team at the intersection of computational biology and functional genomics. The successful candidate will contribute to the analysis of next-generation sequencing (NGS) data from human patient cohorts and participate in the functional validation of a candidate gene associated with disease. The overarching goal is to advance our understanding of the genetic basis of rare inherited neuromuscular disorders and to validate novel genes with potential clinical applications.

Main Responsibilities:

• Perform bioinformatic analyses of human whole exome/genome and RNA-seq datasets.
• Identify and prioritize genetic variants linked to rare neuromuscular diseases.
• Integrate multi-omics data to support candidate gene discovery.
• Design and conduct functional experiments (e.g., CRISPR-Cas9, cell-based assays, transcriptomics).
• Conduct in silico analyses, molecular biology techniques (e.g., Western blotting, RT-qPCR), immunofluorescence, and image analysis (ImageJ).
• Prepare scientific manuscripts and contribute to grant proposals.

Additional Duties:

• Collaborate closely with internal team members and external partners in genetics, neuromuscular diseases, and molecular biology to advance research objectives.
• Provide support and mentorship to junior researchers and interns (e.g., protocol training, sharing expertise in bioinformatics and genetics).
• Present research progress and findings at lab meetings, conferences, and possibly to funding agencies.
• Assist with the preparation of funding applications and research progress reports.

Required Qualifications:

Proficiency in scripting languages such as Python or R, and familiarity with bioinformatics tools and pipelines.
Strong knowledge of human genetics and disease biology.
Hands-on experience with functional genomics techniques (e.g., cell culture, CRISPR, qPCR, Western blotting) is considered a plus.