Mots-Clés

bioinformatique virus base de données python django Nextstrain

Description

Vos missions

Rattaché(e) à l’équipe bioinformatique de l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité, la personne recrutée s’appuiera sur les analyses de données de séquençage et sur un environnement déjà en place (gitlab, slurm) sous environnement linux. Elle sera impliquée dans la conception et le développement d’une base de données relationnelle partagée par plusieurs unités, basée sur des standards d’échanges et de sécurités en accord avec les partenaires avec qui nous échangeons. Outre sa capacité à gérer différents virus et leurs métadonnées associées, elle devra faire l’objet de mises à jour automatiques régulières et devra disposer d’interfaces web conviviales pour son utilisation (django). Elle permettra également la génération de rapports pdf en automatique, la génération automatique de pages web de visualisation de métadonnées sur une carte, ainsi que l’alimentation automatisée d’une instance Nextstrain. Composant majeur attendu, elle permettra d’étendre la portée de l’automatisation de nos analyses, en en facilitant en outre le partage.

Votre équipe

La direction pilote : ANSES, laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort.

Au sein du laboratoire Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort, l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité (UGVB) est une unité à positionnement transversal avec une forte orientation de son activité axée sur l’innovation appliquée aux méthodologies analytiques moléculaires et aux approches bioinformatiques associées.
Elle contribue grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique, séquençage long reads) à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort ainsi qu’aux autres unités de l’ANSES.

Vous rejoindrez une équipe de quatre personnes dédiée à l’analyse de données de séquençage haut débit et collaborerez également avec les deux bioinformaticiens des Laboratoires Nationaux de Référence (LNR) Influenza Porcin (unité de Virologie et Immunologie Porcines, VIP) et Aviaire (Unité de Virologie, Immunologie, Parasitologie Aviaires et Cunicoles, VIPAC).

Votre quotidien

• Activité 1 : 10%
  • Conception d’une base de données de virus répondant au cahier des charges des laboratoires de référence.
• Activité 2 : 80%
  • Développement de la base de données, des formulaires et/ou scripts d’import, des interfaces web (django).
  • Automatisation de sa mise à jour avec des séquences de banques de données publiques. Génération de page web de visualisation de metadonnées sur une carte. Export automatique vers une instance Nextstrain.
• Activité 3 : 10%
  • Bibliographie, création de la documentation et formation des utilisateurs.

Votre profil

Formation et expérience requises :

De formation bioinformatique Bac +5 (Bac+3 minimum), vous avez un goût prononcé pour le développement et avez des connaissances biologiques générales.

Compétences :

• Programmation en Python, Django, (Snakemake)
• Connaissances de SQL, conda/mamba, git et gitlab, singularity idéalement
• Des connaissances en génomique virale seraient un plus
• Bonne maîtrise de l’anglais technique lu, écrit, parlé
• Maîtrise des environnements Linux/Unix
• Travail en équipe indispensable (intra équipe et inter équipes)
• Qualités requises : grande autonomie, organisation, rigueur, capacité d’interaction avec le collectif de travail
• Une connaissance préalable des outils bioinformatiques et des méthodes de traitement des données issues de séquençages haut débit serait un plus.

Divers

Conditions particulières

• Vous travaillerez en laboratoire P2+ (locaux en pression négative, changement de vêtements à l’entrée et à la sortie)

Informations pratiques

• Le poste est basé à Ploufragan (22440) au sein du technopôle de l’agglomération de Saint-Brieuc
• 12 jours de télétravail par mois possibles (après 6 mois d’activité)
• Accès à un restaurant administratif (repas subventionnés)
• Offre d’activités via l’association du personnel

L’Anses recrute, accompagne et valorise les talents dans leur diversité pour s’engager au service de la santé publique.
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