Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

assemblage phylogénétique bactérie gènes de résistance aux antibiotiques

Description

Poste
L’équipe Génétique et Epidémiologie Evolutives (GEE) ouvre un contrat à durée déterminée dans le
laboratoire Ecologie Société et Evolution (ESE, UMR 8079, CNRS, AgroParisTech, Université Paris-
Saclay) pour 18 mois pour traiter des données de séquençage de génome de bactéries, en vue
d’identifier des mécanismes potentiels de résistances aux antibiotiques. L’équipe possède une large
expertise en Génomique, et a une vie classique de laboratoire de recherche. Le projet se fait en
partenariat avec des équipes de Lyon et de Montpellier.

Missions
-Effectuer des analyses de qualité des données brutes de séquençage
-assembler des génomes de quelques dizaines de souches cliniques en utilisant des données de
séquençage à lecture courte et à lecture longue (short and long reads)
-Utiliser des outils de recherche de gènes de résistance
-explorer le contexte génomique de chaque gène d’intérêt
-comparer les caractéristiques moléculaires de différentes parties du génome
-effectuer des reconstructions phylogénétiques
-comparer et réconcilier les phylogénies
-effectuer des analyses phylogénétiques supplémentaires pour tester les hypothèses de transferts de
gènes horizontaux
-effectuer des analyses de sélection

Compétences requises
-Maîtrise du traitement des données WGS standard (short reads et long reads)
-connaissances de base sur les analyses phylogénétiques
-appétence pour les analyses évolutives
-capacité à rechercher, sélectionner et tester de nouveaux outils pour les analyses de données WGS
-Gestion des données et travail selon les procédures FAIR
-capacité à interagir avec des collaborateurs sur site et à distance
-Maîtrise parfaite du français OU de l’anglais
-avoir des interactions simples avec des collègues en français et en anglais