Mots-Clés

Bio-informatique NGS Oxford Nanopore Illumina Poxvirus microbiologie génomique santé publique virologie sequençage

Description

Offre d’emploi – Ingénieur·e en Bioinformatique

Lieu : Brétigny-sur-Orge (91)

Contrat : CDD de 3 ans renouvelable, avec perspective de CDI

Niveau requis : Bac+5 (Master, Diplôme d’ingénieur)

Prise de poste : Vacant à partir du 1er Octobre, mais prévoir un délai administratif

Contexte

L’Institut de Recherche Biomédicale des Armées (IRBA) recrute un·e ingénieur·e en bioinformatique pour renforcer son unité de virologie, située sur le site de Brétigny-sur-Orge, au sein du département Microbiologie et Maladies Infectieuses (2MI).
L’unité mène des recherches visant à développer des contre-mesures médicales ciblant plusieurs virus pathogènes, en particulier les Orthopoxvirus (comme le monkeypoxvirus). Elle assure également un rôle d’expertise en tant que Centre National de Référence des Orthopoxvirus, avec une activité croissante de séquençage d’échantillons cliniques.

Missions

• Développer, maintenir et documenter des pipelines bioinformatiques pour l’analyse de données de séquençage haut débit (short et long reads)
• Participer à l’optimisation des protocoles de laboratoire dans le cadre de séquençages NGS
• Réaliser des analyses génomiques, des assemblages de génomes, et des analyses évolutives de souches virales
• Mise en place d’outils de visualisation des données, de rapports
• Réaliser une veille technologique sur les outils bioinformatiques, participer à la diffusion des bonnes pratiques, et former les utilisateurs si besoin

Profil recherché

• Diplôme Bac+5 (Master ou école d’ingénieur) en bioinformatique, biologie computationnelle ou discipline connexe
• Une première expérience en analyse de données NGS est fortement souhaitée
• Intérêt pour les virus pathogènes et les problématiques de santé publique

Compétences techniques requises

• Maîtrise des environnements Linux/Unix
• Bonnes compétences en Python et des outils de développement de workflow
• Connaissances en SQL
• Compréhension des technologies de séquençage (Illumina, Nanopore)
• Expérience en analyse de données de séquençage (WGS, alignements, phylogénie, détection de variants)
• Connaissances en phylogénie, génomique comparative, ou analyses évolutives
• Une expérience sur l’utilisation d’outils de prédiction de structures 3D des protéines (Alphafold, RFDiffusion, ProteinMPNN…) serait bénéfique mais non essentiel

Compétences transverses

• Polyvalence, rigueur, autonomie, sens de l’organisation
• Forte capacité de travail en équipe pluridisciplinaire
• Aptitude à communiquer efficacement à l’écrit comme à l’oral (en français, et idéalement en anglais)
• Curiosité pour la biologie structurale (certains projets pourraient en intégrer en partie)

Candidature

Merci d’envoyer votre CV et une lettre de motivation aux adresses suivantes :

frederic.iseni@intradef.gouv.fr
olivier.ferraris@intradef.gouv.fr
maxence.lechemia@intradef.gouv.fr

Les candidatures seront étudiées dès réception, jusqu’à pourvoi du poste.