Mots-Clés
bioinformatics
clinic
data management
healthcare
genomics
software development
workflow
Description
Résumé
Poste : Ingénieur bioinformaticien clinique et production
Équipe : Plateforme Bioinformatique Gilles Thomas
Centre : Centre Léon Bérard, Lyon
Date limite de candidature : 30 septembre 2025
Date de début : Dès que possible
Contexte général
Le/La candidat/e intégrera la Plateforme Bioinformatique Gilles Thomas localisée sur le site du centre intégré de recherche en cancérologie CLB/CRCL. Depuis sa création en 2009, la PFGT a développé une expertise pluridisciplinaire et acquis des compétences avancées dans l’exploitation de grandes quantités de données (WGS, WES, RNASeq, données de cellule unique, transcriptomique spatiale) issues de projets génomiques de grande envergure dans le domaine de la recherche sur le cancer.
Dans le cadre de ses activités translationnelles et cliniques, la plateforme a pour mission d’assurer le traitement, le contrôle qualité, l’analyse et l’interprétation des données génomiques mises à disposition des biologistes et des cliniciens dans le but d’optimiser la prise en charge thérapeutique des patients.
Objectif général du poste
Le/la bioinformaticien·ne clinique et de production participera au traitement et à l’interprétation des données générées par les analyses de séquençage à haut débit (NGS), en particulier dans un contexte diagnostique et de suivi patient.
Il/elle assurera la mise en œuvre, l’exécution, le maintien et le suivi de pipelines bioinformatiques, tout en interagissant avec les biologistes, cliniciens et autres équipes techniques.
Les principales missions incluent notamment :
• Mettre en œuvre et maintenir des workflows bioinformatiques pour l’analyse des données de séquençage (WES, WGS, panels ciblés, RNA-seq).
• Participer à la production régulière de résultats d’analyses dans un cadre clinique, avec un haut niveau de traçabilité et de reproductibilité.
• Collaborer à l’interprétation des variants (SNV, indels, CNA, fusions, altérations complexes) en lien avec les biologistes moléculaires et cliniciens.
• Assurer la qualité et la fiabilité des données générées (contrôles qualité, métriques, rapports automatisés).
• Participer à l’évolution des outils internes, à l’automatisation des processus d’analyse, et à la documentation des pipelines.
• Suivre les évolutions technologiques et méthodologiques en bioinformatique clinique.
• Contribuer aux échanges avec les instances réglementaires, notamment dans le cadre de l’accréditation (ex : norme ISO 15189).
Profil recherché
Compétences techniques
• Maîtrise des environnements Unix/Linux et des infrastructures de calcul haute performance (HPC)
• Solide maîtrise des outils classiques d’analyse NGS (BWA, GATK4, STAR, Salmon, etc.)
• Compétence en langages de programmation ou scripting (Python, Bash, R)
• Expérience dans le développement et la maintenance de pipelines (Nextflow)
• Connaissances des bases de données génomiques cliniques (ClinVar, COSMIC, gnomAD, OncoKB, …)
• Sensibilité aux bonnes pratiques de versioning et de documentation (Git, GitLab)
Compétences transversales
• Rigueur, autonomie, sens de l’organisation.
• Capacité à travailler en équipe pluridisciplinaire.
• Bonnes qualités de communication orale et écrite.
• Intérêt pour les problématiques cliniques et la médecine de précision.
Formation et expérience
• Formation supérieure en bioinformatique, biostatistiques, ou discipline apparentée (Bac +5 minimum).
• Expérience dans un environnement de production ou clinique (plateforme, laboratoire hospitalier, biotech, …) serait appréciée.
• Expérience en génomique du cancer appréciée
Conditions du poste
Type de contrat : CDD initial, prolongeable en CDI
Rémunération : Selon expérience et grille de la convention collective