Mots-Clés
oncohématologie
CHU
RNAseq
ctDNA
Description
CARACTÉRISTIQUES GÉNÉRALES DES SERVICES/LABORATOIRES
Le service d’hématologie biologique du CHU de Nantes comprend sept unités, dont l’hématologie moléculaire, qui joue un rôle central dans la prise en charge des hémopathies malignes. En étroite collaboration avec les services cliniques régionaux, cette unité connaît une activité croissante grâce aux technologies de séquençage à haut débit. Elle s’inscrit dans une dynamique d’innovation avec le développement progressif de nouvelles approches (transcriptome, biopsie liquide, génome) et le renforcement de ses capacités bioinformatiques, notamment au sein de réseaux nationaux (GBMHM, LYSA, CALYM).
DÉFINITION GÉNÉRALE DU POSTE
Le service d’hématologie biologique du CHU de Nantes recrute un·e ingénieur·e bioinformaticien·ne pour accompagner le développement de son unité d’hématologie moléculaire, centrée sur l’analyse NGS appliquée au diagnostic, au suivi et à la recherche dans les hémopathies malignes. Le poste implique la mise en place et l’optimisation de pipelines pour l’analyse de données de génomique (WES, panels ciblés) et transcriptomique (RNAseq), en interaction étroite avec des biologistes médicaux, techniciens, ingénieurs biomédicaux et bioinformaticiens. Le·la candidat·e évoluera dans un environnement à fort enjeu clinique et scientifique.
MISSION PRINCIPALE
Développement, validation et maintenance de pipelines d’analyse bioinformatique pour les données issues du séquençage à haut débit (NGS), dans le cadre du diagnostic et de la recherche sur les hémopathies malignes.
ACTIVITES
- Mise en place d’outils d’analyse transcriptomique (RNAseq) adaptés aux leucémies, lymphomes, et autres hémopathies : identification de transcrits de fusion, profils d’expression, SNV, etc. Des essais de plusieurs algorithmes et la création d’un pipeline est attendue avec une sortie annotée et interprétable par les biologistes.
- Assurer la maîtrise des pipelines d’analyse et leur traçabilité en adéquation avec les exigences de l’ISO 15189 et participer à la démarche d’accréditation des examens biologiques. Contribution à la traçabilité et à la documentation
- Analyse de données de génomique (WES, panels ciblés) dans le cadre du soin et de la recherche
- Participation aux projets de recherche et de développement actuellement en cours ou à venir sur l’ADN tumoral circulant, en collaboration avec nos partenaires académiques
- Automatisation des flux de données et de leur archivage
- Appui à l’administration du serveur en collaboration avec la Direction des Systèmes Numériques (DSN) et en partenariat avec l’ingénieure bioinformatique déjà présente dans le service de génétique médicale.
DIPLÔME ET COMPÉTENCES
• Diplôme :
Titulaire d’un diplôme en bioinformatique, de niveau ingénieur, Master 2 ou d’un PhD.
• Qualité et compétences générales :
- Aisance relationnelle, sens du dialogue et transparence dans les échanges avec les biologistes et responsables médicaux.
- Capacité à travailler en équipe, à collaborer efficacement et à être force de proposition dans un environnement multidisciplinaire.
- Sens de l’organisation, rigueur, esprit critique.
- Capacité à assurer un reporting clair et régulier.
- Maîtrise de l’anglais scientifique, à l’oral comme à l’écrit : capacité à s’exprimer en anglais, à suivre des présentations ou réunions scientifiques, à lire des publications et à contribuer à la rédaction d’articles de recherche.
• Compétences spécifiques :
- Expérience en génomique et/ou transcriptomique humaine attendue. Une expérience d’au moins 2 ans serait un plus.
- Excellente connaissance des langages de programmation Bash, Python et R (automatisation, analyse statistique, traitement de données de séquençage)
- Maîtrise des outils d’analyse en génomique : manipulation de données (samtools, bedtools), alignement (STAR), expression différentielle, détection de fusions/translocations (STAR-Fusion, FusionCatcher, approches k-mer…), détection de variants (SNV/indels) (GATK…).
- Maîtrise des gestionnaires d’environnement (Conda, Singularity et/ou Docker)
- Maîtrise d’un système de gestion de workflows (Snakemake, Nextflow)
- Maîtrise des outils de gestion de code (Git)
- Connaissance des environnements de calcul haute performance (HPC, clusters)
- Connaissance des enjeux liés à l’archivage, aux entrepôts de données et à la sécurisation des données (dépôts, RGPD)
- Maîtrise de la rédaction de documentation technique claire et structurée
CONDITIONS DE TRAVAIL
Poste d’ingénieur CDI