Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

metagenomique pangenomique annotation fonctionnelle FAIR Pipeline microbiologie

Description

Poste de Bioinformaticien·ne chez Aviwell

Aviwell est une startup deeptech dont la mission est de nourrir le monde de manière plus efficace et durable, tout en respectant les ressources naturelles. Aviwell opère à l’intersection des sciences du numérique et des sciences de la vie. Le siège social est basé à Toulouse, et le bureau du CEO et du développement commercial est situé à Boston, aux États-Unis. Nous développons des procédés d’identification et de production de communautés bactériennes naturelles afin d’améliorer la croissance des animaux d’élevage, réduire leur consommation de nourriture et limiter les déchets. Aviwell ambitionne de commercialiser ces produits uniques sur un marché mondial.

Afin de renforcer son département de recherche et d’innovation in silico, Aviwell recrute un·e bioinformaticien·ne possédant une bonne connaissance des données génomiques. Il/elle analysera les données de séquençage produites par l’entreprise et participera à l’amélioration du pipeline d’analyse. Ces données incluent notamment des séquençages génomiques, métagénomiques et transcriptomiques. Il/elle contribuera à la conception de procédures opératoires standardisées (SOP) pour structurer le processus d’analyse et l’intégration dans la base de données de l’entreprise. Le/la candidat·e interagira avec les membres de la plateforme de découverte Aviwell, incluant des biostatisticiens et des microbiologistes, et échangera avec les chercheurs sur les besoins en séquençage et les résultats d’analyse.

Résumé des responsabilités :

• Utiliser le pipeline interne pour analyser les données de séquençage.
• Contribuer à l’amélioration du pipeline de l’entreprise.
• Participer à la conception des SOP.
• Collaborer étroitement avec les équipes transverses, notamment les membres de la plateforme de découverte Aviwell.

Qualifications et expérience :

Formation : Master ou doctorat en bioinformatique, biologie computationnelle ou data science. Un profil ayant une formation en biologie peut également être considéré.

Exigences minimales :

• Expérience professionnelle démontrée dans le domaine. Les stages seront également pris en compte.
• Connaissances et compétences en programmation dans une combinaison des environnements et langages suivants : Unix (Linux), Bash, Python, R, Perl, C++, langages de pipeline (Snakemake, Nextflow), calcul haute performance (HPC), cloud computing.
• Maîtrise du français ou de l’anglais. Un niveau minimum A2 (élémentaire) dans la seconde langue est préférable.

Idéalement, le/la candidat·e aurait aussi :

• Une expertise en microbiologie et/ou métagénomique.
• Une expertise en pratiques d’assurance qualité liées aux données numériques.

Compétences :

• Capacité à adapter ses connaissances à différents besoins.
• Travail autonome, bien organisé, de qualité, respectant les délais. Capacité à gérer plusieurs tâches simultanément.
• Efficace dans le travail en équipes internationales et multidisciplinaires.
• Force de proposition et capacité à innover.
• Volonté de faire évoluer ses compétences en fonction des avancées du domaine.
• Bonnes compétences en communication, esprit d’équipe et grande motivation.

Informations pratiques :

Lieu : Toulouse, France
Date de début : à partir de l’automne 2025
Type de contrat : CDI