Mots-Clés
bioanalyse
génétique
transcriptomique
épigénétique
maladies humaines
Description
L’agent se verra confier l’analyse bio-informatique de données génétiques, transcriptomiques et épigénétiques en collaboration avec les membres de l’équipe I (Human Genetics), de la plateforme de bio-informatique BiRD de l’institut du thorax (https://umr1087.univ-nantes.fr) et des collaborateurs internationaux participant aux projets.
Activités principales :
• Développer, tester et implémenter des pipelines d’analyse bio-informatique
• Analyser des données et discuter des résultats avec les membres de l’équipe
• Mettre en forme des résultats en vue de publications
• Organiser le stockage des données
• Assurer un support pour les étudiants en thèse du groupe
• Conseiller et former aux techniques et outils développés (stagiaires…)
• Participer aux réunions de recherche et développement de nouvelles approches
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité
• Possibilité de participer aux groupes de travail de la plateforme BiRD
Spécificité(s) et environnement du poste :
• Poste informatique : station immobile, utilisation intensive d’écran
• Participation hebdomadaire aux réunions de groupe, équipe et du laboratoire
• Lien étroit avec les cliniciens, généticiens et les biostatisticiens de l’institut du thorax et dans le cadre de projets de recherche translationnelle
Connaissances :
• Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie)
• Maitrise des différents langages de programmation
• Utilisation d’un cluster informatique
• Connaissances des concepts en génétique humaine et génétique des populations
• Veille bibliographique (PubMed)
• Maitrise du travail sous linux en ligne de commande (‘bash’)
• Être familier avec les formats de fichiers associés au séquençage à haut-débit
(FASTQ, BAM, VCF…)
• Cadre légal et déontologique
• Langue anglaise B1 à B2
Savoir-faire :
• Maitrise de langages de programmation compilés (java/c/c++/…), scripté (python/perl…) ainsi que le langage ‘R’
• Maitrise des gestionnaires de pipelines (make/snakemake/nextflow…)
• Rédaction et mise à jour de procédures
Aptitudes :
• Interactions indispensables avec l’ensemble des interlocuteurs en anglais
• Ouverture à la collaboration interdisciplinaire et au travail en équipe
• Capacité de raisonnement analytique
• Être en mesure d’assurer la reproductibilité de ses résultats
• Organisation du travail afin d’aboutir à des scripts robustes et documentés, sauvegardés et partagés sur serveur git
• Autonomie, sens de l’organisation et pédagogie
Expérience(s) souhaité(s) :
• Connaissance en analyse bio-informatique et bio-statistique de données NGS
• Expérience en langages de programmation
• Connaissances en biologie