Mots-Clés
Bioinformatique structurale, anticorps, nanobody, dynamique moléculaire, docking
Description
Dans le cadre du projet « Optimisation des anticorps de camélidés (VHH) à La Réunion », sélectionné dans le cadre de l’AMI FEDER 2023 financé par le programme opérationnel FEDER/INTERREG 2021/2027, un poste de postdoctorant ingénieur de 18 mois est proposé au sein de l’unité DSIMB de l’Université de La Réunion. Ce poste est encadré par le Dr Fabrice Gardebien, chef de projet, et le Dr Alexandre G. de Brevern, directeur de DSIMB. Le poste porte sur l’humanisation des VHH, leur dynamique et leur optimisation. Les VHH sont les domaines VH spécifiques des immunoglobulines de camélidés. De petite taille (120-130 résidus), ils sont très stables et possèdent des propriétés distinctes des immunoglobulines conventionnelles. Cependant, provenant du chameau, ils ne peuvent être injectés à l’homme sans être humanisés. L’ingénieur(e) recruté(e) sélectionnera donc un ensemble non redondant de VHH en complexe avec un partenaire protéique de la Protein DataBank, en prêtant attention à leurs qualités. Des sous-ensembles spécifiques de données sur la dengue, la COVID-19 et le virus Zika seront également proposés. Il/elle les humanisera ensuite à l’aide du logiciel dédié. Enfin, il/elle analysera les VHH initiaux et humanisés par dynamique moléculaire afin de comprendre les effets des mutations liées à l’humanisation. Le travail sera étendu aux complexes VHH-protéines. Dans le cadre de votre travail, elle/il serez amené(e) à participer à certains déplacements professionnels tels que des réunions de travail en France métropolitaine, des formations dédiées et des congrès nationaux et/ou internationaux. Le salaire est modulé suivant l’expérience et les grilles fixées. De même, il est possible de s’adapter pour les dates de commencement du contrat.
As part of the project “Optimization of Camelid Antibodies (VHH) in Reunion Island”, selected under the FEDER 2023 AMI funded by the FEDER/INTERREG 2021/2027 operational program, an 18-month postdoctoral engineering position is available within the DSIMB unit of the University of Reunion Island. This position is supervised by Dr. Fabrice Gardebien, project manager, and Dr. Alexandre G. de Brevern, director of DSIMB. The position focuses on the humanization of VHHs, their dynamics, and their optimization. VHHs are the specific VH domains of camelid immunoglobulins. Small in size (120-130 residues), they are very stable and have properties distinct from conventional immunoglobulins. However, coming from camels, they cannot be injected into humans without being humanized. The recruited engineer will therefore select a non-redundant set of VHHs in complex with a protein partner from the Protein DataBank, paying attention to their qualities. Specific subsets of data on dengue, COVID-19, and the Zika virus will also be proposed. They will then humanize them using dedicated software. Finally, they will analyse the initial and humanized VHHs using molecular dynamics to understand the effects of mutations linked to humanization. The work will be extended to VHH-protein complexes. As part of your work, you will be required to participate in certain professional trips such as working meetings in metropolitan France, dedicated training courses, and national and/or international conferences. Salary is adjusted based on experience and established salary scales. It is also possible to adjust the contract start dates.