Mots-Clés
Recombinaison homologue, Phylogenie, analyses in silico
Description
En cas de toxi-infection alimentaire (TIAC) ou plus généralement d’épidémie bactérienne en lien avec l’alimentation et/ou les animaux de rentes, les outils phylogénétiques sont privilégiés pour investiguer l’origine de ces épidémies. Cependant, au cours de ces analyses plusieurs étapes sont critiques et risquent d’avoir un impact direct sur les résultats obtenus. C’est pourquoi l’équipe du SPAAD, spécialisée dans la bio-informatique, réalise des analyses de benchmark lui permettant de sélectionner les meilleurs outils mais également de proposer des critères qualités pour le séquençage d’isolats bactériens. Plusieurs travaux ont donc été réalisés notamment sur l’impact des différentes méthodes d’assemblage sur les résultats de typage par cgMLST, du fait d’une fragmentation plus ou moins importante des génomes ainsi obtenus, mais également l’impact des outils de variant calling sur les analyses phylogénétiques, en comparant essentiellement les méthodes d’alignement de génomes ou d’appel de variant directement via les SNP.
Nous souhaitons poursuivre ce travail afin d’évaluer l’impact des choix d’outils permettant d’extraire les éléments soumis à la recombinaison homologue dans les génomes bactériens sur la reconstruction phylogénétique. En effet, la recombinaison homologue, qui est un transfert horizontal de matériel génétique, altère directement le signal phylogénétique et peut avoir des conséquences directes sur la topologie des phylogénies. Ainsi, à partir de simulations de génomes bactériens faisant varier le taux de recombinaison homologue, l’étudiant devra réaliser (i) des études d’investigation d’épidémie en utilisant plusieurs outils d’extraction des tracts recombinants couramment utilisés dans la littérature, tel que ClonalFrameML, gubbins et la suite Harvest, et (ii) comparer ses résultats avec les paramètres de simulation. Cela permettra ainsi d’évaluer si les trois outils agissent de la même manière en fonction du taux de recombinaison des agents pathogènes, ou au contraire si l’un est plus performant que les autres.