Mots-Clés

génomique Bio-informatique intégration

Description

Stage M2/ingénieur : Caractérisation de rétrogènes porcins par analyse de données multi-omiques

Unité : GenPhySE (Génétique, Physiologie, et Systèmes d’élevages) UMR 1388 INRAE, 24 chemin de Borde-Rouge, Castanet Tolosan.
Equipe d’accueil : REGLISS « Génomique régulationnelle pour les espèces animales »
Nom du responsable scientifique du projet : Carine Genêt
Co-encadrant du stage : Bioinformatique : Cervin Guyomar

Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire de recherche GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Elevage) dans l’équipe REGLISS (REgulatory Genomic in LIvestock SpecieS), sur le campus INRAE de Toulouse à Auzeville.

Description du sujet :

Au cours de l’évolution, l’acquisition de nouveaux éléments génétiques par les génomes permet de créer de la diversité fonctionnelle et phénotypique.
Les « rétrocopies » appelées aussi rétrogènes proviennent d’ARNm rétro-transcrits puis insérés dans le génome sans les introns et les régions promotrices du gène parental d’origine.
Issues de l’activité des rétrotransposons, ces séquences ont la potentialité d’évoluer et de générer rapidement de nouvelles fonctions voire de nouveaux gènes.
Elles participent ainsi à l’innovation génomique et peuvent contribuer à la diversité phénotypique.

Alors que les rétrocopies ont été longtemps considérées comme des impasses évolutives, leur impact phénotypique sur les espèces d’intérêt agronomique a été démontré chez le mouton
par deux études identifiant l’implication de rétrogènes dans l’expression des phénotypes de cornage (Wiedemar and Drögemüller 2015) et de toison (travaux menés à GenPhySE (Demars et al. 2017)).

Dans le cadre de ce stage, nous proposons de réaliser une caractérisation approfondie des rétrogènes porcins dérivés de gènes codant pour des protéines.
Ce travail s’appuiera sur l’intégration et l’analyse combinée de données multi-omiques générées dans le cadre du projet européen GENE-SWitCH (https://www.gene-switch.eu/).
Ce projet a produit, à partir des mêmes échantillons biologiques, un ensemble de données de génomique fonctionnelle couvrant différents niveaux de régulation,
incluant le transcriptome (bulk RNA-seq), l’épigénome via la méthylation de l’ADN (RRBS, WGBS), ainsi que des informations sur l’accessibilité et l’occupation chromatinienne (ChIP-seq, ATAC-seq).

L’objectif du stage sera d’exploiter ces ressources et de les mettre en corrélation afin de mieux comprendre les caractéristiques structurelles et fonctionnelles des rétrogènes porcins.

Vous serez plus particulièrement impliqué(e) dans :

• L’exploration et l’étude des corrélations des profils d’expression des rétrogènes porcins et de leurs gènes parentaux à partir de données bulk RNA-seq, couvrant sept tissus distincts et trois stades clés du développement.
• La caractérisation fonctionnelle et épigénomique de ces rétrogènes, par l’intégration de données multi-omiques complémentaires :
  représentation réduite ou méthylome complet (RRBS, WGBS), occupations chromatiniennes (ChIP-seq, marqueurs de promoteurs actifs et d’enhancers) et accessibilité de la chromatine (ATAC-seq).

L’ensemble des données multi-omiques est disponible et les primo-analyses ont été réalisées.

Le profil que nous recherchons :

Formation recommandée : Bio-informatique, génomique.
Connaissances souhaitées : Bonne maîtrise de Python ou R et des lignes de commande (bash)
Aptitudes recherchées : Rigueur, travail en équipe, autonomie

Merci d’envoyer CV et lettre de candidature à carine.genet@inrae.fr et cervin.guyomar@inrae.fr