Mots-Clés
génomique
pangénomique
ARN non-codants
Description
Les ARN non-codants sont des transcrits qui ne codent pas pour des protéines. Si les plus connus sont les ARN de transfert, ou les ARN ribosomaux, il en existe de nombreux autres (comme les microARN), qui ont des rôles importants dans toutes les étapes de la vie de la cellule. Pourtant, ils sont beaucoup moins étudiés que les ARN codants.
Un pangénome est une représentation de plusieurs génomes d’une même espèce, en général sous forme de graphe. Cette structure permet de représenter de façon efficace les séquences conservées, et les séquences divergentes, entre les individus.
La conservation caractérise la présence au sein de plusieurs individus d’un gène donné. Il est en général supposé qu’un gène conservé chez tous les individus d’une espèce contribue à son fonctionnement vital, alors qu’un gène présent dans une partie seulement pourrait bénéficier à son adaptation dans un milieu donné.
Dans le cadre de ce stage, le candidat aura à analyser, et éventuellement reconstruire, un pangénome d’Arabidopsis thalania, une espèce modèle pour les plantes d’intérêt agronomique, afin de caractériser la conservation des petits ARN nucléolaires. Ces ARN interviennent dans la maturation des ARN ribosomaux. Elle ou il se chargera d’étudier les familles potentiellement conservées ou divergentes, ainsi que les sites qui accumulent le plus de variations. Le candidat sera amené à developper les outils pour ce faire.
Profil
- Diplôme requis: Master/Ingénieur (Bac + 5)
- Formation: informatique ou bio-informatique
- Connaissances:
- Utilisation de Linux
- Programmation
- Connaissances de base en génomique
- Maîtrise de l’Anglais écrit
Accueil
- Lieu d’accueil: UR MIAT, INRAE, chemin de Borde-Rouge, Auzeville-Tolosane
- Type de contrat: Stage
- Durée du contrat: 6 mois
- Début souhaité: début 2026
- Rémunération: gratification
- Modalités pour postuler: envoyer CV et lettre de motivation à christine.gaspin@inrae.fr et matthias.zytnicki@inrae.fr