Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Génomique bactérienne Pipelines Assemblage Annotation

Description

International Flavors and Flagrances (IFF) est l’un des leaders mondiaux pour la fourniture d’ingrédients alimentaires. La division Health & Bioscience de IFF produit et commercialise des ferments pour les industries laitières, de salaison ou encore des compléments alimentaires.

Le groupe IFF recrute un(e) stagiaire dans son centre de Recherche et Développement localisé à Dangé Saint Romain (86).

Mission :
Au sein de l’équipe « Strain Development » de sa RD Cultures, la personne recrutée mettra au point des pipelines bioinformatiques d’analyse de données short-read (Illumina), long-read (ONT) ou de génomes complets pour la génomique bactérienne.
Un premier pipeline sera dédié à l’assemblage et l’annotation de génome à partir de données de séquençage et basé sur l’usage des dernières méthodes identifiées via une veille bibliographique. Il intègrera des étapes classiques de contrôle qualité des données et la validation taxonomique.
Un second pipeline sera dédié à l’identification dans les génomes de séquences spécifiques d’intérêt, avec un focus sur la formalisation de requêtes bioinformatiques à partir de déclarations issues de la bibliographie.

Profil recherché :
Master 2 ou équivalent, avec des compétences avancées en programmation (par exemple Python, C, R, autre) et environnement Linux. Des connaissances sur les outils de pipeline (snakemake, nextflow), la gestion d’environnements (conda/miniforge), le versionnage (git) et en statistiques constituent un atout.