Mots-Clés

'Deep Learning' 'Python / PyTorch' Analyse d’images médicales Intelligence Artificielle en santé Recherche translationnelle en hématologie Myélome multiple

Description

Contexte du poste

UNIVERSELLEMENT HOSPITALIER
Au cœur de la Métropole Nantaise, le CHU de Nantes se positionne, avec près de 13 000 collaborateurs, comme le premier employeur de la région. Appartenir au CHU de Nantes, c’est faire siennes les valeurs du service public hospitalier : égalité, continuité, neutralité et adaptabilité. Nous sommes fiers de représenter l’hôpital public auprès de chaque citoyen. Face aux situations d’urgence ou de précarité, pour mener de grands projets mais aussi au quotidien, cela donne sens au travail et à l’engagement de chaque professionnel de l’établissement.
UN NOUVEL HOPITAL en 2027
Situé sur la rive sud de la Loire, un nouvel hôpital verra le jour en 2027. Ce nouvel hôpital est le plus grand projet hospitalier actuellement conduit en France. Il regroupera, sur un même site, le plateau technique du CHU, actuellement réparti sur l’Hôtel Dieu et l’Hôpital Nord Laennec (blocs, imagerie, laboratoires) et l’institut de recherche en santé (IRS 2020). Il sera le socle du quartier de la santé, un projet de dimension européenne, qui réunira également à proximité : la faculté de santé, des écoles paramédicales, des instituts de recherche et un projet d’incubateur en santé. Cet écosystème original composé d’enseignants, de soignants, de chercheurs et d’entrepreneurs favorisera l’innovation médicale et son transfert rapide au lit du patient.
Avec 1436 lits et places et une augmentation de lits en soins critiques (10%), le nouvel hôpital proposera 64% de séjours en ambulatoire dans un environnement plus moderne, connecté et confortable, tant pour les patients que les professionnels.
Le CHU de Nantes ne pratique aucune discrimination entre les agents, fondée sur le sexe, le handicap, la religion, etc, conformément à la Charte HRS4R (Human Resources Strategy For Researchers).

Environnement du poste

Depuis plus de 30 ans le CHU de Nantes conduit une politique très volontariste pour assurer le développement de la recherche biomédicale sur le site. Il compte aujourd’hui parmi les 10 CHU les plus forts chercheurs de France. Il tire notamment sa force de son écosystème : le CHU de Nantes est le seul CHU membre d’un établissement public expérimental (EPE), Nantes Université, labélisé depuis 2022 I-Site autour d’un projet ambitieux sur la santé et l’industrie du futur.
Au sein du CHU de Nantes, la Direction de la recherche et de l’innovation*(DRI) du CHU de Nantes contribue activement à la mise en œuvre stratégique et opérationnelle de ces enjeux. Elle est organisée en 5 départements : Grands Programmes Nationaux & Européens, Innovation & Développement, Investigation & Recherche translationnelle, Promotion, Ressources & Support.
Elle regroupe près de 520 collaborateurs, au service de la recherche et de l’innovation.

Le département innovation & développement est l’interlocuteur privilégié des innovateurs en santé – qu’il s’agisse notamment d’entrepreneurs ou de personnels du CHU. Il assure le lien avec les entreprises innovantes, en particulier les start-ups et PME innovantes, les structures de valorisation des partenaires académiques du CHU (SATT, Inserm Transfert) et les acteurs de l’innovation du site nantais (Technopole Atlanpole, pôle de compétitivité Atlanpole Biothérapie, etc.). Intervenant à toutes les étapes, de la détection d’opportunités, la co-conception, l’expérimentation jusqu’au transfert de technologies et la valorisation des données de santé, il est également en charge des évaluations médico-économiques.

Le département investigation et recherche translationnelle est en charge de la conduite des études. Ce département fédère les 26 unités d’investigation clinique, dont la moitié sont labélisées Centre d’Investigation Clinique (CIC) par le ministère de la Santé et l’Inserm, en reconnaissance de leurs activités de recherche translationnelle conduites avec les laboratoires de recherche du site (9 Unités Mixtes de Recherche). Les activités des structures d’appui à la recherche tels que le Centre de Ressources Biologiques (CRB), la Tumorothèque et la Clinique Des Données (C2D) sont pilotées par ce département et se placent à l’interface avec les structures de recherche de l’écosystème nantais (UMR, université, école centrale).

Le service d’hématologie biologique du CHU de Nantes comprend sept unités fonctionnelles, dont l’UF de cytologie, qui joue un rôle central dans le diagnostic et le suivi des hémopathies malignes. En étroite collaboration avec les services cliniques régionaux et les équipes de recherche, cette unité s’inscrit dans une dynamique d’innovation en utilisant désormais les outils de numérisation des frottis sanguins et médullaires permettant le développement d’algorithmes d’intelligence artificielle. Cette démarche s’effectue en collaboration avec Polytech Nantes et le laboratoire LS2N.

Missions principales et activités

Missions principales : Développement, validation et maintenance des algorithmes dans le cadre du diagnostic et de la recherche sur les hémopathies malignes, en particulier pour le diagnostic et le pronostic du myélome multiple.
• Intégration et mise en place de projets de recherche en apprentissage profonds pour le diagnostic et le pronostic des hémopathies malignes sur données alpha-numériques et images.
• Maintenance et extension des pipelines d’analyse (mis en place sous Pytorch).
• Collaboration étroite avec les praticiens du service pour la définition des questions biologiques et la mise en place de workflows d’intégration, de traitement et d’annotation des données.
• Développement de pipelines d’automatisation des diagnostics sur les différentes thématiques dans un cadre de recherche appliquée (benchmark, création d’architectures spécialisées, modalités d’entraînement supervisé/non-supervisé/…).
• Veille scientifique sur les domaines du deep learning et de ses applications en hématologie.
• Publication scientifique sur les différents projets.
• Participation à la recherche de partenaires hospitaliers et industriels pour pérenniser l’acquisition des données.

Condition de travail

• Poste d’ingénieur CDD – 1 an/post doc avec possibilité de pérennisation

• Le poste est ouvert et à pourvoir aussi rapidement que possible

• Candidatures (CV+ lettre de motivation) à adresser au Pr Marion EVEILLARD, cheffe du service d’Hématologie Biologique : marion.eveillard@chu-nantes.fr et M Wahid HAJJI, cadre du service d’Hématologie Biologique : wahid.hajji@chu-nantes.fr

Profil recherché

o Diplôme / Formation :
o Titulaire d’un diplôme en informatique, de niveau ingénieur avec implication en intelligence artificielle et analyse d’images, PhD apprécié
o Connaissances approfondies en deep-learning, notamment les architectures convolutives et transformer, les paradigmes d’apprentissages (classification, segmentation, régression …).
o Connaissance en machine learning et en intégration de données multi-modales (images et tabulaires).

o Expériences attendues :
o Expérience professionnelle obligatoire sur Python et Pytorch
o Connaissances en IA analyses d’Images exigées
o Connaissances du domaine de la santé appréciées

o Connaissances, compétences et qualités professionnelles associées :
Qualité et compétences générales :
- Aisance relationnelle, sens du dialogue et transparence dans les échanges avec les biologistes et responsables médicaux.
- Capacité à travailler en équipe, à collaborer efficacement et à être force de proposition dans un environnement multidisciplinaire.
- Sens de l’organisation, rigueur, esprit critique.
- Capacité à assurer un reporting clair et régulier.
- Maîtrise de l’anglais scientifique, à l’oral comme à l’écrit : capacité à s’exprimer en anglais, à suivre des présentations ou réunions scientifiques, à lire des publications et à la rédaction d’articles de recherche.

o Compétences techniques :
- Maîtrise avancée de Python, notamment pour les data sciences - OBLIGATOIRE
- Une maîtrise avancée de Pytorch sera nécessaire pour intégrer les projets en cours - OBLIGATOIRE
- Librairies de traitement des données (pandas, numpy, …).
- Librairies de machine learning et deep learning (scikit-learn, Pytorch/Tensorflow, scipy…).
- Librairies et outils de traitement d’images (OpenCV, pillow, Qupath, inkscape).

o Compétences théoriques :
- Connaissances approfondies en deep-learning, notamment les architectures convolutives et transformer, les paradigmes d’apprentissages (classification, segmentation, régression …).
- Connaissance en machine learning et en intégration de données multi-modales (images et tabulaires).
- Notions sur le transfert d’apprentissage (data shift, domain adaptation).
- Compétences en traitement d’image RGB.
- Notions de biologie humaine et acculturation à la santé.

Ce poste est fait pour vous si vous aimez :
• Evoluer dans une recherche active ;
• Travailler en collaboration avec une équipe pluridisciplinaire dynamique et investie ;
• La diversité des missions proposées.

Avantages
• Valorisation financière (primes diverses, …).
• Self d’entreprise à tarif avantageux.
• Remboursement à 75% du titre de transport et proposition de solutions avantageuses de mobilité douce.
• Politique sociale attractive (tarifs avantageux sur les loisirs, les vacances, les sorties culturelles…).
• Politique de formation continue attractive.