Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

scRNA-seq Transcriptomique spatiale Analyse de donnée Multi-omique

Description

CONTEXTE :
Le cancer de la prostate est le cancer masculin le plus fréquent et la 2ème cause de mortalité. Les traitements actuels étant peu efficace, il est indispensable de mieux comprendre la progression tumorale pour identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.
Pour cela, nous avons généré de nombreuses données transcriptomiques de cellules uniques (Chromium Single Cell) et spatiales (Xenium, GeoMx, VisiumHD) à partir d’échantillons de modèles murins pertinents ou de biopsie de prostates humaines. Le but étant de tirer parti des spécificités de ces technologies de pointe dans le contexte biologique complexe de la progression tumorale.

MISSION :
- Prise en main des analyses de différents types de données omiques
- Identification des types cellulaires pour en déterminer le lien avec la progression du cancer
- Caractérisation des mécanismes biologiques impliqués avec la progression du cancer
- Analyse spatiale des tissus
- Appréhender l’intégration des données multi-omique

COMPÉTENCES :
- Maîtrise de R et python
- Intérêt pour l’analyse de données omiques, en particulier single cell et transcriptomique spatiale
- Curiosité sur les mécanismes du cancer et les méthodologies d’analyse bioinformatique
- Accent mis sur l’organisation, la documentation, la traçabilité et la reproducibilité des analyses
- Capacité à rapporter et mettre en lien des résultats complexes au sein d’une équipe interdisciplinaire
- Bon niveau d’anglais technique informatique et scientifique

PROFIL RECHERCHÉ :
- Formation en bioinformatique, sciences des données pour la biomédecine, ou similaire (Master ou école d’ingénieur)
- Disponibilité pour 6 mois de stage (début et fin à déterminer ensemble)

LIENS UTILES :
- https://www.igbmc.fr/equipes/sous-groupes/roles-physiopathologiques-des-voies-de-signalisation-de-la-vitamine-d
- https://metzger-chambon.igbmc.science/SingleCellViz/

Petit plus, JOBIM (la fameuse conférence française de bioinformatique) est à Strasbourg en juin 2026 !