Mots-Clés
Unix / R / Python
Pipelines d’analyse de données
Séquençage haut débit (NGS)
gestion des données
conception de pipelines
Transcriptomique
Biostatistiques
ChIP-seq
RNA-seq
CUT&RUN-seq
ATAC-seq
Description
Mission principale
Votre rôle sera de contribuer au projet de recherche dans le cadre d’une subvention de L’ERC et de l’ANR obtenue par l’équipe récemment. Votre rôle consistera à être le premier bio-informaticien dédié de l’équipe, comblant ainsi une lacune cruciale en établissant et en standardisant nos pipelines de calcul et nos routines d’analyse de données. Ce travail couvrira un éventail de projets passionnants, allant de la recherche fondamentale explorant la manière dont l’expression des gènes est régulée par les métabolites, à des études translationnelles. Dans le cadre de ces projets translationnels, vous intégrerez des données multi-omiques provenant d’échantillons de patients et de divers modèles (incluant des modèles murins et cellulaires) pour comprendre les mécanismes des maladies hépatobiliaires, et pour identifier de nouveaux biomarqueurs ainsi que les réponses aux traitements médicamenteux. Bien que notre équipe de biologistes possède déjà certaines compétences en bio-informatique, votre expertise constituera la pierre angulaire qui unifiera nos divers projets. Vous établirez et standardiserez les pipelines d’analyse de données, la mise en place du stockage et de l’organisation des données ainsi que d’un plan de gestion des données.
Activités principales
• Intervenir auprès des chercheurs à un stade de conception des projets pour étudier la faisabilité de l’application de la technologie souhaité pour répondre à la question biologique posée
• Assurer la réception des données essentiellement de l’une des plateformes de séquençage, assurer un contrôle qualité des données brutes de séquençage RNA (bulk RNA-seq, single-cell-RNA-seq) et DNA (ChIP-seq, CUT&RUN-seq, CUT&Tag-seq, ATAC-seq)
• Appliquer des contrôles qualités adaptés à chaque jeu de données
• Accompagner les chercheurs lors du retour des données de séquençage (génomique ou transcriptomique) pour l’aider à les prendre en main (accessibilité des formats de sortie de données)
• Conseiller et former les chercheurs à accéder aux données via des outils d’interrogation et de visualisation, en mettant en place des pipelines facilement utilisables par des biologistes (ex. Galaxy, Jupyter)
• Aide à l’interprétation des résultats
• Assurer un lien avec l’une des plateformes bio-informatique de l’INEM et de SFR-Necker en participant à son activité en lien avec les projets développés à l’équipe
• Assurer un suivi bibliographique des méthodologies appliquées dans le domaine de la génétique statistique et de la bioinformatique
• Présenter occasionnellement des synthèses des résultats en réunion d’équipe, encadrer des stagiaires (L3, M1 ou M2) et des doctorants débutants
Spécificité(s) et environnement du poste
Notre laboratoire fait partie d’un centre de recherche international multidisciplinaire en médecine moléculaire - l’Institut Necker Enfants Malades (INEM) - qui est situé dans les locaux récemment rénovés de la Faculté de Médecine (Université de Paris Cite). INEM est un centre de recherche public sous la triple tutelle de l’INSERM, du CNRS et de l’Université Paris Descartes. Comprenant environ 250 chercheurs, personnels techniques et administratifs, l’INEM compte 20 équipes de recherche. Vous travaillerez dans un environnement de travail franco-anglais très dynamique et stimulant sur le plan scientifique, en étroite collaboration avec des collègues qui viennent du monde entier. Vous aurez l’occasion de communiquer avec des chercheurs et cliniciennes de différents niveaux et dans divers domaines en recherche fondamentale, translationnelle et clinique. Vous aurez également l’opportunité de rejoindre un réseau de bioinformaticiens, composé d’ingénieurs permanents et de personnel contractuel travaillant au sein de notre institut. Ce réseau facilite les échanges grâce à des réunions de travail régulières et à une infrastructure partagée. Vous aurez la possibilité de collaborer avec les collègues de la plateforme locale de bioinformatique de l’SFR-Necker, reconnus pour leur vaste expertise dans ce domaine (https://fr.sfr-necker.fr/bioinformatics).
Vous intégrerez une équipe internationale pour mener à bien un projet issu d’un programme de recherche financé par des subventions européennes et nationales (www.panasyuklab.fr).
L’objectif de notre projet est de comprendre comment les voies de détection des nutriments contrôlent le métabolisme cellulaire et l’impact que cela peut avoir sur les maladies humaines. Nos approches sont multidisciplinaires, combinant des techniques de pointe en génétique, génomique, biologie cellulaire et moléculaire. Pour disséquer les circuits moléculaires qui régissent les fonctions physiologiques du système hépato-biliaire, nous utilisons la génétique humaine et murine, ainsi que des cultures primaires de organoïdes d’origine humaine et murine. Pour générer des données génomiques en laboratoire, nous utilisons des méthodes à la pointe de la technologie telles que le ChIP-seq, le CUT&RUN-seq et le RNA-seq. Nous réutilisons également des données déjà disponibles pour répondre à nos questions. Notre équipe, dynamique et internationale, est composée de 11 personnes : 3 chercheurs titulaires, 2 post-doctorants, 2 ITA non statutaires, 3 doctorants et 1 étudiant.
Connaissances
• Recueil, analyse et traitement des données NGS
• Principes généraux en génétique, génomique, en biologie moléculaire, transcription des gènes
• Connaissances en biostatistique appliquée aux données RNA-seq, constructions de réseaux, test d’enrichissement, réduction de dimensionnalité des données
• Informatique appliquée au NGS notamment RNA-seq (connaissance approfondie)
• Expérience en traitement de données RNA-seq cellule unique sera un plus
• Cadre légal et déontologique
• Environnement et réseaux professionnels
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues), poste ouvert aux non-francophones
• Capacité à interagir avec des étudiant.e.s et des chercheur.e.s
Savoir-faire
• Maitrise des langages informatiques suivants : Unix, R, Python.
• Garantir la qualité et la pertinence des outils d’analyse à proposer et des résultats obtenus
• Concevoir des outils pédagogiques pour un public de biologistes avec niveaux variables de compétence en informatique et bio-informatique
Aptitudes
• Facilité de communiquer avec un public non expert en informatique
• Capacité de gestion des priorités des tâches allouées
• Habilité à gérer et avancer plusieurs projets simultanément
• Être motivé.e et rigoureux.se dans son travail
• Avoir le sens de l’organisation et de l’autonomie
• Apprécier le travail en équipe
• Posséder de bonnes qualités relationnelles
• Avoir l’expérience de la mise en forme et de la présentation des résultats
Expérience(s) souhaité(s)
• Domaine de formation souhaité : bio-informatique, biologie computationnelle, outils de séquençage haut débit appliqués à la génétique, génomique et / ou à la transcriptomique. génétique humaine (y compris génomique du cancer) ou génétique des populations (humaines, plantes, animaux)
• Expérience professionnelle dans l’analyse et l’interprétation de données NGS transcriptomique
Niveau de diplôme et formation(s)
• Bac+5. Aussi ouvert à des Ingénieurs des grandes écoles ou Master 2 option Bio-informatique ou Génétique statistique tout domaine avec au moins 1 an d’expériences.