Mots-Clés
scRNA-seq, spatial
Description
Structure d’accueil
Le Centre de recherche de l’Institut Curie
L’Institut Curie est un acteur majeur de la recherche et de la lutte contre le cancer. Il est constitué d’un hôpital et d’un Centre de recherche de plus de 1000 collaborateurs avec une forte représentativité internationale.
L’objectif du Centre de recherche de l’institut Curie est de développer la recherche fondamentale et d’utiliser les connaissances produites pour améliorer le diagnostic, le pronostic, la thérapeutique des cancers dans le cadre du continuum entre la recherche fondamentale et l’innovation au service du malade.
Laboratoire
L’équipe « Réparation, Radiation et Thérapies Innovantes contre le Cancer » (U1021/UMR3347/Université Paris-Saclay) étudie les altérations aux niveaux cellulaire et moléculaire induites par la radiothérapie au niveau pulmonaire (Curras-Alonso et al., Nature Communications 2023). En utilisant des analyses en cellule unique (scRNAseq, transcriptomique spatiale), les projets en cours visent à identifier les mécanismes clés permettant de comprendre les effets de la radiothérapie sur les tissus sains et tumoraux. Pour atteindre ces objectifs, l’équipe recherche un bio-informaticien / biologiste computationnel chargé de piloter l’ensemble des analyses bioinformatiques et l’intégration des différents jeux de données (scRNAseq, transcriptomique spatiale, lipidomique). Ce poste bénéficiera de l’expertise du laboratoire à travers des interactions étroites avec les biologistes de l’équipe et des partenaires externes.
Missions
- Traitement des données et développement de pipelines : concevoir, implémenter et maintenir des pipelines robustes pour l’analyse scRNA-seq et spatiale, incluant le contrôle qualité des données, la normalisation et la correction des effets de batch.
- Analyse scRNASeq et transcriptomique spatiale : réaliser le clustering, l’annotation des types cellulaires, l’inférence de trajectoires et l’analyse des communications intercellulaires.
- Intégration des données : appliquer des approches statistiques et de machine learning pour intégrer les données unicellulaires et spatiales, afin d’identifier les signatures moléculaires et les voies impliquées dans les effets induits par la radiothérapie.
- Collaboration : travailler en étroite interaction avec les radiobiologistes et collaborer avec des partenaires internationaux dans le cadre de projets interdisciplinaires.
- Communication scientifique : présenter les résultats lors de réunions d’équipe, séminaires et conférences internationales, ainsi que contribuer à la rédaction de manuscrits et de demandes de financement.
Profil recherché
Formation et compétences
• Doctorat (PhD) ou Master (MSc) avec expérience significative en bioinformatique, biologie computationnelle, biostatistiques, biologie des systèmes ou discipline équivalente.
• Solides connaissances en biologie moléculaire et/ou dans les approches single-cell fortement appréciées.
• Expérience dans des environnements interdisciplinaires (biologie + calcul) valorisée.
• Maîtrise de R (Bioconductor, tidyverse), Python (NumPy, Pandas, scikit-learn) et Bash.
• Une expérience préalable en analyse de données scRNA-seq (Seurat, Scanpy) et/ou en analyse spatiale (Giotto, Squidpy) serait un atout.
Aptitudes requises
• Rigueur, autonomie et esprit orienté résolution de problèmes.
• Solides compétences organisationnelles et capacité à travailler de manière indépendante.
• Esprit d’équipe et ouverture à la collaboration internationale.
• Bonnes compétences en communication écrite et orale (français et/ou anglais souhaités).
Toutes nos opportunités sont ouvertes à des personnes en situation de handicap.
Informations sur le contrat
Type de contrat : CDD
Date de démarrage : Automne 2025
Durée du contrat : 18 mois renouvelable
Temps de travail : Temps complet
Rémunération : selon les grilles en vigueur
Avantages : Restauration collective, prise en charge du titre de transport annuel à 70%, mutuelle d’entreprise
Localisation du poste : Orsay
Contact
Pour postuler, merci d’envoyer CV, lettre de motivation et les noms de référents à : Charles.Fouillade@curie.fr
Date limite des candidatures : 15/12/2025