Mots-Clés

Application Web Qualité au laboratoire Immunologie-Immunogénétique Django Visualisation python BDD

Description

Offre de stage Bioinformatique

Laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique

CHU Bordeaux - Pôle de Biologie - Pathologie

A Bordeaux
Stage de Master 2 (6 mois)
Janvier à juin 2026 (possibilités d’ajustement)
Envoyez CV, lettre de motivation et éventuelles références à : louis.petrus@chu-bordeaux.fr

Présentation du laboratoire

Le laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique du CHU de Bordeaux est un laboratoire de biologie médicale accrédité selon la norme ISO 15189 par le COFRAC (Comité Français d’accréditation), et reconnu par l’EFI (European Federation for Immunogenetics) et la WMDA (World Marrow Donor Association) pour certaines de ses activités. Il est structuré en deux secteurs complémentaires : Allergie-Humorale-Auto-Immunité et HLA-Cellulaire. Le premier est spécialisé dans le diagnostic et le suivi des maladies allergiques, auto-immunes, des dysglobulinémies et des anomalies du système du complément. Le second est dédié aux examens indispensables aux transplantations d’organes (rein, cœur, foie, poumon) et aux greffes de cellules souches hématopoïétiques et au diagnostic des déficits immunitaires. Il assure également un rôle régional majeur en tant que Centre Receveur et Centre des Donneurs Volontaires de Moelle Osseuse d’Aquitaine.
Dans ce cadre, la démarche qualité occupe une place centrale : chaque examen est réalisé selon des procédures normalisées, régulièrement auditées, afin de garantir la fiabilité des résultats et la sécurité des patients. Au quotidien, les équipes mobilisent un large éventail de techniques immunologiques et analytiques (immunofluorescence, ELISA, immunodot, turbidimétrie, immunofixation, cytométrie en flux, etc.), intégrées dans une chaîne de contrôle qualité interne et externe. Cette organisation assure une traçabilité complète, une reproductibilité optimale et un strict respect des standards nationaux et internationaux.
Ainsi, le laboratoire allie une activité clinique de haut niveau à une culture qualité exigeante. Réaliser un stage dans ce cadre permet non seulement d’acquérir des compétences techniques et méthodologiques, mais aussi de comprendre concrètement le rôle déterminant de la qualité et de l’accréditation dans la biologie médicale moderne.

Contexte du poste

Le ou la stagiaire travaillera en binôme avec le bioinformaticien du laboratoire, impliqué dans plusieurs projets structurants. Parmi eux, une plateforme web transversale, développée en Django contient un outil de gestion de la Qualité. Cet outil vise notamment à centraliser et exploiter les résultats des Contrôles Internes (CIQ) et Externes (CQE) de Qualité. Les objectifs sont d’assurer la traçabilité des échantillons et des résultats de contrôles des différents automates et techniques du laboratoire, d’automatiser la collecte, l’exploitation et l’archivage des données et faciliter l’exploitation statistique dans un but de répondre aux exigences des normes d’accréditations.
Dans ce contexte, le stage offrira l’opportunité de contribuer à l’évolution de l’outil web, notamment pour intégrer de nouvelles fonctionnalités telles que la prise en compte des incertitudes de mesure, renforcer la gestion des données et optimiser les processus de contrôle. Parmi ces nouvelles fonctionnalités attendues, la prise en compte des incertitudes de mesure, permettront de relier la qualité interne à la conformité externe, de détecter rapidement toute dérive, et d’assurer un suivi rigoureux des performances des automates et des procédés.
Les missions permettront ainsi de concilier développement web, structuration et analyse de données, démarche qualité interne et externe, dans un environnement concret de biologie médicale accréditée. L’environnement de travail vous offrira des interactions avec des ingénieurs bioinformaticiens de d’autres secteurs, des techniciens de laboratoire et des biologistes médicaux qui seront les principaux utilisateurs des outils développés, ainsi qu’avec des services transversaux du CHU, tels que la cellule qualité du Pôle Biologie-Pathologie, la cellule dédiée aux paramétrages informatiques du Pôle (CBI), et la Direction des équipements numériques (DENUM).

Poste et missions

Objectif 1 : Mise en place du suivi des CIQ de typage HLA

Le laboratoire d’Immunologie et Immunogénétique du CHU de Bordeaux réalise des tests de typage HLA essentiels pour les transplantations d’organes et la greffe de cellules souches hématopoïétiques.
Ces données très spécifiques nécessitent un suivi personnalisé. L’objectif est de centraliser et sécuriser les données des contrôles internes liés aux typages HLA afin d’assurer la fiabilité et la traçabilité. Les fonctionnalités attendues comprennent :

• Intégration des résultats provenant des différents automates et logiciels de typage.
• Historisation complète des données pour permettre un suivi longitudinal et des comparaisons dans le temps.
• Gestion des séries et aide à l’interprétation.
• Génération de tableaux de bord et de rapports synthétiques facilitant l’identification rapide des anomalies ou écarts.
• Mise en place d’alertes lorsque des valeurs s’écartent des attentes.
• Interface utilisateur web intuitive pour la consultation et l’export des données.
• Le maintient des compétences des techniciens au poste de travail.

Objectif 2 : Mise en place de la fonctionnalité « incertitude de mesures »

L’incertitude de mesure correspond à l’estimation quantitative de la dispersion des valeurs pouvant être attribuée à un résultat de mesure. Elle traduit la fiabilité et la précision d’un résultat et permet d’évaluer si une variation observée entre deux mesures est significative ou relève simplement des limites méthodologiques. Dans le contexte du laboratoire, l’incertitude de mesure est un indicateur clé pour les méthodes quantitatives. Son calcul utilise les résultats des CIQ et CQE de la méthode.
Le ou la stagiaire participera à la conception et au développement d’une fonctionnalité intégrée dans la plateforme web existante, avec plusieurs objectifs concrets :

• Permettre le calcul automatique des incertitudes à partir des résultats CIQ et CQE, en tenant compte des variations observées sur plusieurs lots, automates ou techniques ;
• Comparer et corréler les données internes et externes afin de détecter rapidement les écarts significatifs et anticiper les dérives ;
• Générer des indicateurs statistiques et graphiques permettant de suivre les tendances, la précision et la reproductibilité des mesures sur le long terme ;
• Assurer l’archivage et la traçabilité complète de tous les calculs, indispensables pour les audits internes et externes ;
• Intégrer ces informations directement dans les rapports qualité et tableaux de bord existants pour faciliter leur utilisation par le personnel du laboratoire.

Cette fonctionnalité contribuera à renforcer la cohérence et la fiabilité des données, à améliorer le suivi qualité quotidien et à préparer le laboratoire à une gestion complète des incertitudes de mesure en routine.

Objectif complémentaire : Participation a l’amélioration continue, la sécurité et l’intégrité des environnement et outils en place.

Le stagiaire contribuera à optimiser la plateforme web existante (Django) en renforçant la modularité et la maintenabilité du code pour faciliter les évolutions futures. Il ou elle participera à la sécurisation des données sensibles et à la simplification des workflows afin de réduire les interventions manuelles et limiter les erreurs. La documentation des fonctionnalités et procédures sera également améliorée pour assurer la traçabilité et préparer le laboratoire aux audits internes et externes. Cette mission allie développement informatique, gestion des données et démarche qualité interne et externe, pour garantir la fiabilité et l’efficacité des outils du laboratoire.

Environnement de travail

Ce stage se déroule dans un laboratoire dynamique et ambitieux, tant sur le plan informatique que bioinformatique. Nous favorisons la prise d’initiatives et la liberté d’action, plutôt que des missions strictement cadrées. C’est pourquoi la construction de chaque mission pourra ainsi être discuté et adapté en fonction de vos propositions, des suggestions de vos encadrants et des retours des différents interlocuteurs techniques.
Au-delà des missions prévues, nous attachons une grande importance à votre intégration au sein de l’équipe et à la compréhension globale des activités du laboratoire. Vous serez invité à observer les différentes techniques mises en œuvre et à échanger avec le personnel pour enrichir votre connaissance des pratiques en biologie médicale.
Nous veillerons à ce que vous disposiez des ressources et des technologies nécessaires pour atteindre vos objectifs. Votre travail sera reconnu et apprécié, notamment pour la contribution concrète qu’il apportera au laboratoire.
Nous recherchons une personne motivée, consciencieuse et curieuse, désireuse de découvrir et de participer activement à la vie d’un laboratoire d’analyses médicales.

Périmètre technique du poste

Langages de programmation informatique : Python3, Html/CSS, Javascript, SQL, Bash
Framework : Django 4
Environnements : Windows 10, Linux Debian, Excel

Compétences attendues

• Méthodes de bioinformatiques
• Bases en développement informatique
• Excellente communication orale et écrite
• Curiosité intellectuelle
• Autonomie
• Capacité de veille scientifique
• Rédaction rigoureuse du code et de ses commentaires pour assurer la continuité du projet
• Esprit d’équipe
• Sens du service public