Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

biopesticides, environnement, devenir, impact, bioinformatique, réglementation

Description

Les biopesticides sont de plus en plus utilisés comme alternatives aux pesticides conventionnels. Jusqu’à présent, le temps de demi-vie (t1/2) des pesticides était une variable majoritairement utilisée pour étudier le devenir de ces composés dans le sol. Cependant, ce paramètre comporte plusieurs limitations. Tout d’abord, il ne prend pas en compte la formation de sous-produits de dégradation et l’impact des pesticides sur la biodiversité. De plus, il ne peut pas être utilisé pour les biopesticides qui sont des mélanges très complexes (ex : extraits végétaux). L’utilisation de méthodes à haut-débit est donc nécessaire pour décrire leurs devenir et impacts. Parmi ces méthodes, l’utilisation de la métabolomique non-ciblée, méthode intégrative, est appropriée puisqu’elle offre la possibilité de suivre la dégradation de l’ensemble des substances contenues dans les biopesticides (xénométabolome : dissipation de composés parents et formation de produits de dégradation), ainsi que d’évaluer leur impact sur le sol (endométabolome : métabolites du sol impactés). C’est dans ce contexte que laboratoire CRIOBE a développé une approche de métabolomique environnementale basée sur l’utilisation de l’UHPLC-HRMS, l’Environmental Metabolic Footprinting (EMF) [1-6]. Cette méthode est totalement adaptée à l’évaluation du devenir et de l’impact environnemental de biopesticides. Cependant, les données obtenues en métabolomique (UHPLC-HRMS) sont très complexes et nécessitent des traitements très pointus pour en tirer des informations fiables et les plus complètes possible.
L’objectif est donc de mettre en place un workflow de traitement de données automatisé, issues d’une approche en métabolomique non-ciblée, simple et rapide. Ce travail est essentiel puisque les réglementations poussent à l’utilisation des produits de biocontrôle mais que les méthodologies d’évaluation classiquement utilisées pour les pesticides conventionnels ne sont pas adaptées pour les substances complexes.

PROPOSITION DE STAGE DE MASTER 2 (6 mois février 2026 - juillet 2026)
Le stagiaire devra mettre au point des scripts automatisés pour traiter des données acquises en UHPLC-MS pour évaluer la dissipation des composés du biopesticides incluant les agents de formulation, de leurs produits de dégradation ainsi que leur impact environnemental. Le stage de M2 proposé fera suite aux travaux de thèse d’Anouar Mejait [6]. Pour cela, des données déjà acquises au laboratoire (cinétique avec différentes modalités de traitement) ainsi que les scripts mis au point au cours de la thèse précédente seront fournis au stagiaire pour qu’il développe ce workflow de traitement de données automatisé.
Le stagiaire sera également en charge de la rédaction d’une note explicative d’utilisation de son workflow de traitement.

Compétences :
Le stagiaire devra avoir les compétences suivantes :
• Traitements de données statistiques (univariées et multivariées type PCA, PLSDA),
• Ecriture de scripts (logiciel R par exemple), notamment pour filtrer, trier et classer les données,
• Aptitude à concevoir, développer et documenter des scripts pour le traitement bio-informatique de données métabolomiques, en toute autonomie et avec rigueur,
• Des connaissances des techniques chromatographiques seraient appréciées,
• Bonnes compétences organisationnelles,
• Volontaire et rigoureux,
• Bonne aptitude à travailler en équipe
• Autonome