Mots-Clés

QSAR Toxicologie contaminants de l'alimentation

Description

DESCRIPTION DU STAGE : Développement de nouveaux outils QSAR pour l’évaluation de la dangerosité des mycotoxines

Entité d’accueil

Le laboratoire de Fougères, qui réunit 65 personnes, contribue principalement à une meilleure connaissance des bénéfices et des risques associés à l’utilisation des médicaments vétérinaires et des désinfectants, par la filière agro-alimentaire. Il concentre ses travaux sur :
- le dépistage des résidus de médicaments vétérinaires dans les denrées d’origine animale
- l’efficacité antimicrobienne des antibiotiques et des désinfectants
- la résistance à ces produits
- l’évaluation de la toxicité de divers contaminants.

L’unité Toxicologie des Contaminants contribue à l’évaluation des risques en apportant son expertise dans le domaine de la toxicologie des contaminants. Les activités de recherche s’organisent autour de 3 grands axes :

1) l’évaluation du danger de contaminants ou de substances émergentes ainsi que de leurs mélanges, à l’aide de tests in vitro sur cultures cellulaires humaines et in vivo sur des rongeurs. En plus des effets génotoxiques, divers marqueurs de toxicité (apoptose, inflammation, stress oxydant,…) sont investigués soit au niveau cellulaire soit au niveau moléculaire avec l’étude de leurs mécanismes d’action. De nouvelles approches à moyen/haut débit d’« omiques » et d’imagerie cellulaire multiparamétrique sont utilisées en routines dans le laboratoire.

2) le développement de nouveaux tests ou outils pour améliorer la prédictivité des essais toxicologiques. Ainsi, la qualification de nouveaux systèmes qu’il soit cellulaires (nouvelles lignées, co-cultures) ou technologiques vise à disposer de tests plus adéquats pour l’évaluation du danger.

3) Le développement d’approches in silico pour concevoir des outils de prédiction du danger lié aux contaminants de l’environnement, avec un intérêt particulier pour les mycotoxines. Les méthodes mises en œuvre reposent principalement sur les relations quantitatives structure–activité (en anglais : Quantitative Structure–Activity Relationship ou QSAR).

Objectifs :

Dans le cadre du troisième axe de recherche de l’équipe, le stage aura pour objectif de développer des approches QSAR appliquées à différentes cibles, en particulier des marqueurs de génotoxicité, mais également à d’autres paramètres liés à l’évaluation de la toxicité des contaminants.

Le/la stagiaire aura pour missions de :

• Identifier, à partir de différentes bases de données, des molécules dont la toxicité est avérée et fusionner ces informations afin de constituer des jeux d’apprentissage robustes,

• Définir les propriétés pertinentes pour le développement de modèles QSAR orientés vers la toxicité,

• Implémenter et tester différents algorithmes nécessaires à la construction des modèles QSAR

• Valider l’efficacité des méthodes développées,

• Évaluer les modèles sur les composés de la base de données MycoCentral et comparer les résultats obtenus avec ceux d’outils existants,

Les cibles de ces tests seront définies au début du stage.

Competences :

 Bio-informatique (modélisation, QSAR, interrogation bases de données)
 Méthodes QSAR
 Curiosité pour différents domaines scientifiques
 Autonomie, rigueur, goût pour le travail en équipe, esprit d’initiative et sens des responsabilités.
 Programmation (python)
 Maitrise du Pack office.