Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

data santé OMOP Python

Description

Localisation : Grenoble ou Paris
Type de contrat : Stage de 6 mois
Date de démarrage : Février - Mars 2025

L’offre complète est disponible ici.

En tant que stagiaire Data, vous participerez au développement de l’étape Transform du pipeline ETL visant à migrer des référentiels bien établis (OSIRIS, GDC, CDISC) vers le modèle de données standard OMOP CDM. Selon l’avancement et les intérêts du/de la stagiaire, une ouverture du stage pourra consister à développer une détection automatique des données d’entrée (lorsqu’elles ne suivent aucun référentiel connu), pour réussir leur mapping automatique vers OMOP.

Responsabilités

• Réaliser une veille technologique sur les ETL existants permettant de faire le mapping de référentiels vers OMOP
• Réaliser une veille technologique sur les ETL existants permettant de faire le mapping de référentiels vers OMOP
• Analyser des modèles de données connus et identification des champs d’intérêt
• Mettre en place des tests unitaires et fonctionnels
• Ouverture possible : proposer des solutions automatiques pour détecter et mapper des données inconnues vers OMOP

Quelle sera votre place dans l’équipe ?

Au sein de notre équipe Data & Analytics, qui fonctionne en petit comité, vous bénéficierez d’une grande autonomie. Vous collaborerez toutefois avec les autres membres de l’équipe qui continueront à faire évoluer le pipeline.

** Profil **

• En dernière année d’une formation d’ingénieure généraliste, informatique ou biotechnologique avec une spécialisation en data, ou d’un master en data management avec une spécialisation en biologie
• Bonne connaissance de Python
• Compréhension des modèles de données (ERD, schémas SQL, etc)
• Connaissance des standards médicaux / terminologies (FHIR, CDISC, OMOP)
• Connaissance en Git, Gitlab
• Rigueur, esprit analytique
• Intérêt prononcé pour les données biomédicales et la recherche
• Autonomie, organisation et curiosité technique
• Esprit d’équipe et capacité à documenter et partager ses travaux