Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Foie Single cell analysis regenerative medicine

Description

Le foie possède une extraordinaire capacité de régénération hépatique. Celle-ci est perturbée en cas de pathologie sous-jacente du foie (cirrhose, stéatose…Gilgenkrantz et al, 2018).En pratique clinique, est également observée en cas de chirurgie du foie pour lésions tumorales primaires ou secondaires. Il n’existe que pas à l’heure actuelle de biomarqueurs permettant de présager de la bonne qualité de la régénération hépatqiue en cas de chirurgie extensive. La régénération met en jeu notamment des cellules immunitaires qui, via la sécrétion de cytokines, induit la prolifération des cellules hépatiques. Nous nous intéressons depuis plusieurs années à un sous-type de lymphocytes T particulièrement abondant dans le foie humain à l’interface de l’immunité adaptative et innée, les cellules MAIT (mucosal associated invariant T cells). Ces cellules ont à la fois un rôle anti microbien (antiviral, antibactérien) mais plus récemment, a également été décrit un rôle de réparation tissulaire, notamment dans la peau ou dans l’intestin. En se basant sur des résultats de notre équipe établissant le rôle des MAIT dans la fibrose du foie (Hegde et al, Nature Communications 2018; Mabire et al, Nature Communications 2023), nous avons émis l’hypothèse que ces cellules pourraient également avoir un rôle dans la régénération hépatique. En utilisant des modèles de souris et des échantillons de foie humain, nous avons pu mettre en évidence le rôle prolifératif des cellules MAIT. Sur le plan mécanistique, ces cellules agissent directement sur la prolifération des hépatocytes via la sécrétion de cytokines mais potentiellement via leur dialogue avec des cellules immunitaires avoisinnantes. Le sujet du stage s’inscrit dans le cadre d’un projet qui vient d’être financé par une ANR dont le but est d’identifier les mécanismes qui donnent aux cellules MAIT leur rôle pro-régénératif et de savoir si la fréquence ou le phénotype de ces cellules pourraient servir de biomarqueur d’une régénération efficace chez l’homme.

Objectifs du stage
1. Analyse d’une base de données single cell publiées pour rechercher la signature régénérative de cellules MAIT dans des échantillons de foie humain ayant bénéficié d’un stimulus de régénération par embolisation portale.
2. Analyse de données single cell générées par le laboratoire sur analyse single cell des cellules immunitaires de foies murins en cours de régénération avec et sans inhibition des cellules MAIT.
3. Recherche de corrélation entre le taux de régénération hépatique chez l’homme et la fréquence et le phénotype de cellules MAIT circulantes. Analyses multivariées.

Compétences recherchées:
Maitrise de R
Connaissances en analyse single cell.

Références
- Gilgenkrantz et al Understanding liver regeneration: from mechanisms to regenerative medicine Am J Pathol 2018; 188: 1316.
- Hegde et al Mucosal associated invariant T cells are a profibrogenic immune cell population in the liver Nature Communication 2018; 9: 2146.
- Mabire et al MAIT cell inhibition promotes liver fibrosis regression via macrophage phenotype reprogramming Nature Communication 2023; 14: 1830.