Mots-Clés
modélisation mathématique
modélisation métabolique
biologie des systèmes
flux balance analysis
pathogène de plante
Description
Laboratoire : Laboratoire des Interactions Plante-Microbe-Environnement (LIPME, INRAE / CNRS /Université de Toulouse)
Lieu : Castanet-Tolosan (31)
Durée : 6 mois
Période : à partir de janvier - février ou mars 2026
Gratification : 624 €/mois
Encadrement : Dr. C. Baroukh, chercheur INRAE, équipe RAP.
Candidature : Envoyer un CV et un paragraphe décrivant vos motivations à caroline.baroukh@inrae.fr avec pour objet : Candidature stage M2 – Modélisation métabolique tomate / R. solanacearum
Contexte
L’azote est un élément essentiel à la croissance végétale, mais son impact sur les interactions plante – pathogène reste peu élucidé. Le pathogène Ralstonia solanacearum, agent du flétrissement bactérien, infecte de nombreuses plantes à intérêts agronomiques telles que la tomate et provoque d’importantes pertes agronomiques. Des observations récentes suggèrent que la forme (NO3/NH4) et la disponibilité de l’azote influencent à la fois la physiologie de la plante et la dynamique d’infection du pathogène. Ce stage s’inscrit dans le cadre d’un projet visant à comprendre comment la nutrition azotée module le fonctionnement métabolique du couple plante–pathogène, en combinant données expérimentales et approches de modélisation mathématique.
Objectifs du stage
Le/la stagiaire aura pour missions principales :
– Explorer, adapter et combiner des modèles métaboliques existants de la tomate et de R. solanacearum (modèles de type FBA ou constraint-based).
– Intégrer des données expérimentales de la littérature (conditions nutritionnelles, croissance, composition métabolique).
– Simuler et analyser les flux métaboliques sous différents régimes azotés (ratio NH4/NO3, niveaux d’engrais).
– Identifier les voies métaboliques clés affectées par la nutrition azotée, proposer des hypothèses biologiques sur les mécanismes responsables des dynamiques d’infections différentes selon le taux d’azote, trouver des scenarios de nutrition azotée de la plante minimisant la maladie
Selon l’avancement, le travail pourra donner lieu à une publication scientifique. Possibilité de poursuivre en doctorat via le concours de l’école doctorale SEVAB.
Profil recherché
Étudiant·e de Master 2 en biologie des systèmes, bioinformatique, modélisation mathématique, biostatistique ou domaine équivalent.
Compétences souhaitées :
– Maîtrise d’un langage de programmation scientifique (Python, R, MATLAB…).
– Maîtrise de la modélisation mathématique de systèmes biologiques (e.g. : équations différentielles)
– Autonomie, rigueur et goût pour les approches interdisciplinaires.
Lieu du stage
Le stage se déroulera au Laboratoire des Interactions Plante-Microbe-Environnement (LIPME), sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse à Castanet-Tolosan, dans un environnement scientifique dynamique et collaboratif.