Mots-Clés
Statistiques
Phylogénie
Génomique
Modélisation
Evolution
Description
Missions
Les éléments transposables (ET) sont des séquences d’ADN répétitées capables de promouvoir leur propre mobilité. Ils sont largement répandus dans l’arbre du vivant et représentent souvent une fraction importante des génomes eucaryotes. Au-delà de leur capacité à envahir les génomes, les éléments transposables sont fréquemment impliqués dans des transferts horizontaux, leur permettant de coloniser de nouveaux hôtes. Cependant, comprendre et prédire comment les transferts horizontaux façonnent la distribution des ET entre les espèces est loin d’être trivial. En particulier, les estimations des taux de transfert basées sur les cas documentés sont à la fois biaisées et approximatives.
Ce projet vise à développer des modèles phylogénétiques explicites de l’évolution des ET intégrant les transferts horizontaux, et à utiliser ces modèles pour obtenir des estimations statistiques des principales dynamiques évolutives des familles d’ET à travers les espèces (par exemple, les taux de transfert horizontal et d’extinction). Le projet postdoctoral portera sur l’exploration de l’impact des transferts horizontaux sur la distribution de la présence/absence d’ET chez des espèces apparentées, à l’aide d’approches statistiques et/ou computationnelles.
Activités
Au cours de ce projet, la personne recrutée sera en charge de :
* Implémenter un modèle théorique de la distribution des éléments transposables dans une phylogénie d’espèces en présence de transferts horizontaux
* Explorer ce modèle pour en déduire les patrons de distribution attendus sous différentes hypothèses de variation des taux de transferts horizontaux
* Implementer une version statistique de ce modèle destinée à estimer les taux de transfers à partir de données de génomique
* Appliquer le modèle statistique à des données réelles
* Assurer la veille scientifique (synthèse bibliographique) sur les thèmes du projet
* Participer à la vie scientifique de l’équipe, assister aux réunions hebdomadaires et y
présenter régulièrement les avancées des travaux.
* Diffuser et communiquer les résultats obtenus en participant à des conférences internationales et en les publiant dans des revues internationales à comité de lecture.
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Compétences
La personne recrutée sera titulaire d’un doctorat en biologie évolutive théorique, ses compétences en statistiques, en programmation, en bio-informatique et en modélisation phylogénétique seront appréciées.
Contexte de travail
Le poste s’inscrit dans le cadre d’un projet collaboratif de 4 ans financé par l’ ANR. Le consortium de recherche réunit deux laboratoires (EGCE à Gif-sur-Yvette et LBBE à Lyon) et implique 7 chercheurs ainsi que 5 postdoctorants et doctorants répartis sur différents volets du projet. Le poste de postdoctorat sera basé au laboratoire EGCE, qui fait partie de l’Institut Diversité, Écologie, et Évolution du Vivant (IDEEV). L’institut offre un environnement scientifique stimulant et dynamique, et est situé sur le nouveau campus de recherche de Paris Saclay, à 35 km au sud de Paris.