Mots-Clés
génomique
parasitologie
Toxoplasmose
Description
Contexte : La toxoplasmose, causée par le parasite intracellulaire Toxoplasma gondii, est une zoonose mondiale touchant près d’un tiers de la population humaine. T. gondii est un parasite intracellulaire obligatoire capable d’infecter la plupart des cellules nucléées. Il établit néanmoins des infections persistantes dans certains tissus, notamment le cerveau et la rétine, où il forme des kystes à long terme. Cette capacité à envahir et à se maintenir dans des cellules différenciées, telles que les neurones ou les cellules rétiniennes, explique la prédominance des formes cliniques neurologiques et oculaires observées chez l’homme. Les souches de T. gondii sont génétiquement diverses, et leur distribution géographique ainsi que leurs caractéristiques génétiques semblent associées à la sévérité clinique des infections. Cependant, la caractérisation génétique directe des souches circulantes chez l’humain reste limitée : le parasite étant intracellulaire, l’ADN obtenu à partir des prélèvements cliniques (comme l’humeur aqueuse ou le sang) est largement dominé par l’ADN humain et présente souvent une très faible charge parasitaire. Ces contraintes rendent les approches classiques de génotypage peu performantes.
Objectif : Ce stage vise à développer un panel d’amplicons ciblés à très haute sensibilité permettant d’identifier et de génotyper T. gondii directement à partir d’échantillons cliniques à faible teneur en ADN parasitaire.
Méthodologie :Le travail comprendra une phase bioinformatique consistant à sélectionner un ensemble optimal de variants génétiques informatifs (SNPs) à partir de génomes de référence de haute qualité, à évaluer leur unicité et leur compatibilité avec un design multiplex, puis à définir les séquences cibles à soumettre pour la conception du panel (type CleanPlex® ou AmpliSeq®).
Impact attendu : Ce projet combine approches bioinformatiques, parasitologie moléculaire et génomique ciblée, et contribuera à améliorer la détection, la surveillance épidémiologique et la compréhension des déterminants génétiques de la virulence de T. gondii dans les infections humaines.
Formation (Master Bac+4) : Etudiant en Master 2 bioinformatique, génomique ou biologie moléculaire.
Compétences recherchées : bonne expérience en bioinformatique pour conduire des analyses génomiques (Linux/CLI, Git, Python/R, notions d’alignement/VCF).
Lieu : Inserm U1094, IRD UMR270, Univ. Limoges, CHU Limoges, EpiMaCT - Épidémiologie des maladies chroniques en zone tropicale, Institut d’Épidémiologie et de Santé Mondiale – Michel Dumas, OmegaHealth, Limoges, France
Durée & démarrage : 6 mois, démarrage souhaité : 5 janvier au 30 juin 2026 (semestre de M2).
Contact : Lokman GALAL — Email : lokman.galal@inserm.fr — Téléphone : +33 (0) 5 19 56 42 67