Mots-Clés
criblages CRISPR
Benchmark
ECCITE-seq
PERTURB-seq
Description
Stage au sein du CIML (Centre d’Immunologie de Marseille Luminy) dans l’équipe du Dr. Sandrine Roulland “Pathogénèse et Ciblage des néoplasies lymphoïdes”. L’encadrement sera assuré conjointement par le Dr. Roulland pour la partie biologique et par Camille Soun pour la partie bioinformatique.
**Titre : **
Benchmarking de pipelines d’analyses de criblages CRISPR combinés à la transcriptomique à l’échelle de la cellule unique
**Description du projet : **
Les criblages pangénomiques utilisant la technologie d’édition du gènome CRISPR/CAs9 ont permis de révéler de nombreux gènes impliqués dans la survie des cellules tumorales et la résistance aux thérapies. Une des limitations de ces cribles est est le manque d’information sur la fonction de ces gènes. Pour combler ce manque, des approches combinant les criblages CRISPR à l’analyse transcriptomique des perturbations génétiques CRISPR à large échelle (ECCITE-seq, PERTURB-seq, CROP-seq). L’émergence de ces technologies CRISPR single-cell et l’augmentation rapide du débit de ces méthodes ont entraîné une véritable explosion des données.Afin de traiter ces données multiomiques complexes et nombreuses, la communauté a déployé des efforts considérables pour créer des méthodes spécialisées, telles que celles basées sur les auto-encodeurs ou les approches plus linéaires (e.g. MixScape / MixScale). Malgré ces développements, il n’y a toujours pas de consensus sur la meilleure méthode d’analyse, ou sur les conditions d’utilisations de chacune. Nous proposons un stage basé sur le benchmarking de plusieurs approches d’analyses de ces approches à partir de jeu de données générées dans dans équipe sur les mécanismes de résistance dans les lymphomes B, un des cancers hématologiques les plus fréquents.
Profil recherché :
Nous recherchons une personne intéressée par l’application de la bioinformatique à l’immunologie, motivée par les nouvelles technologies multiomiques et leurs traitements computationnels et appréciant d’apprendre et d’évoluer dans un environnement dynamique et en constante évolution.
· Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
· Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.
· Travail en équipe.
Compétences demandées :
· Bonne connaissance du langage R.
· Connaissance des méthodes d’analyses des données transcriptomiques (RNA-seq bulk et/ou single-cell RNA-seq)
· Connaissances des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (PCA, UMAP…)
· Bonne pratique de l’anglais scientifique écrit et oral.
· Connaissance en administration système sous Linux.
**Environnement : **
Le stage se déroulera au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein de l’équipe « Pathogénèse et Ciblage des néoplasies lymphoïdes » avec Dr Sandrine Roulland, experte en immunologie et Camille Soun, ingénieure en bioinformatique, spécialiste des données ECCITE-seq.
Votre poste se trouvera dans les bureaux du CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling), qui organise et fédère les bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML (~20 personnes). Vous serez formé aux méthodes d’analyse utiles à votre stage, et aux outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré par la majorité des bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté.