Mots-Clés
cellules souches hématopoïétiques
scRNA-seq
scATAC-seq
Description
Stage au sein du CIML (Centre d’Immunologie de Marseille Luminy) dans le groupe du Dr. Sandrine Sarrazin au sein de l’équipe “Biologie de l’inflammation”. L’encadrement sera assuré conjointement par le Dr. Sarrazin pour la partie biologique et par le CB2M pour la partie bioinformatique.
Titre du projet : HematoMaf
Description du projet :
Bien que les cellules souches hématopoïétiques (CSH) aient été découvertes il y a 60 ans et leur utilisation en thérapies cellulaire chez l’homme depuis plus de 40 ans, le répertoire de fonctions des cellules souches hématopoïétiques et les mécanismes moléculaires sous-jacents restent mal compris. En utilisant des technologies de pointe et des modèles uniques de souris génétiquement modifiées, nous explorons les mécanismes moléculaires qui contrôle l’engagement initial des CSH vers telle ou telle voie de différenciation. En particulier nous testons l’hypothèse selon laquelle les macrophages de la moelle osseuse et les CSH sont engagés dans un feedback réciproque, contrôlant la fabrication de cellules myéloïdes à l’homéostasie et en situation d’urgence.
À l’aide d’approches novatrices, dont RNA-seq et ATAC-seq à l’échelle unicellulaire, «footprint» digital ainsi que l’activation/inhibition transcriptionnelle médiée par CrispR/Cas9 au niveau des CSH, nous étudierons les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l’engagement précoce des CSH, la mémoire innée et l’interaction CSH-macrophages au sein de la moelle osseuse, dans des conditions physiologiques et physiopathologiques. La réalisation de ce projet permettra de mieux comprendre les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la décision précoce de la destinée cellulaire dans les CSH, en particulier ceux contrôlés par le facteur de transcription MafB et les gènes régulés en aval.
Nos objectifs sont:
1) Disséquer les mécanismes moléculaires qui sous-tendent l’engagement précoce des CSH dans des conditions homéostatiques et d’urgence.
2) Identifier les nouveaux acteurs moléculaires impliqués dans la mémoire innée des CSH.
3) Explorer l’interaction entre les CSH et les macrophages de niche dans la moelle osseuse en conditions d’homéostasie et d’urgence.
Nos résultats contribueront à une meilleure compréhension de l’hématopoïèse précoce de l’adulte et ouvriront de nouvelles voies pour l’utilisation thérapeutique des CSH et des signaux contrôlant leur destin cellulaire dans des conditions physiologiques et d’urgence.
Profil recherché :
Nous recherchons une personne intéressée par l’application de la bioinformatique à l’immunologie, motivée par les nouvelles technologies omiques et leurs traitements computationnels et appréciant d’apprendre et d’évoluer dans un environnement dynamique et en constante évolution.
· Capacités organisationnelles, présentation synthétique des résultats scientifiques.
· Bonne communication avec les chercheurs en biologie, intérêt pour les questions biologiques.
· Travail en équipe.
Compétences demandées :
· Bonne connaissance du langage R.
· Connaissance des méthodes d’analyses des données transcriptomiques (RNA-seq bulk et/ou single-cell RNA-seq)
· Connaissances des méthodes mathématiques d’analyse de données multidimensionnelles (PCA, UMAP…)
· Bonne pratique de l’anglais scientifique écrit et oral.
· Connaissance en administration système sous Linux.
Environnement :
Le stage se déroulera au CIML, centre d’immunologie de renommée internationale, localisé sur le campus universitaire de Luminy, au sud de Marseille. Vous travaillerez au sein de l’équipe « Biologie de l’inflammation» avec le Dr Sandrine Sarrazin, experte en immunologie et les membres du CB2M pour la partie bioinformatique.
Le groupe CB2M (Computational Biology, Biostatistics & Modeling), qui organise et fédère les bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML (~20 personnes), co-encadrera votre activité. Au sein du CB2M, vous serez formé aux méthodes d’analyse « single-cell », et aux outils employés pour assurer la reproductibilité des résultats (Open Science / FAIR data). Dans une salle dédiée, vous serez quotidiennement entouré par la majorité des bioinformaticiens et bioinformaticiennes du CIML et participerez activement au dynamisme de cette communauté.