Mots-Clés
bioinformatique, métagénomique, pipeline, Illumina, automatisation, Python, Bash, watcher, cronjob, reporting, HTML, interface utilisateur, données cliniques.
Description
Contexte
Dans le cadre d’un projet de recherche et d’intégration clinique en microbiologie, notre équipe développe un pipeline de métagénomique microbiologique permettant l’analyse de données issues du séquençage Illumina.
Le pipeline principal est déjà fonctionnel. L’objectif de ce stage est d’améliorer son accessibilité et son automatisation pour une utilisation dans un contexte hospitalier, en développant une interface simple et en facilitant la génération de rapports exploitables.
Encadré(e) par l’équipe bioinformatique, l’étudiant(e) participera aux tâches suivantes :
Automatisation de l’exécution du pipeline: Développer un système qui combine surveillance de fichiers et planification de tâches pour lancer automatiquement les analyses à l’arrivée de nouveaux runs, effectuer des contrôles périodiques et relancer certaines étapes automatiquement si besoin.
Développement d’une interface utilisateur: Concevoir une interface web permettant de lancer et suivre les analyses sans intervention manuelle complexe. Mettre en place un système de journalisation (logs) et un affichage de l’état des analyses.
Génération de rapports: Créer un modèle de rapport HTML statique ou semi-dynamique résumant les résultats principaux de l’analyse, adapté à un contexte clinique.
Profil recherché
Compétences techniques attendues
Bonne maîtrise de Python et des scripts Bash.
Connaissances de base en développement web (HTML, CSS, JavaScript) et intérêt pour l’apprentissage de frameworks modernes (Flask, Django, React, Vue.js, etc.).
Familiarité avec les environnements Linux et intérêt pour les workflows de séquençage (Illumina).
Motivation à apprendre et à mettre en œuvre des solutions d’automatisation (surveillance de fichiers, tâches planifiées) et de génération de rapports automatisés.
Compétences appréciées
Première expérience ou intérêt pour les outils de gestion de workflows (Nextflow, Snakemake, Cromwell…).
Connaissances de base en conteneurisation (Docker, Singularity).
Sensibilité aux enjeux liés à l’environnement clinique : sécurité, traçabilité, confidentialité des données.
Profil personnel
Rigueur, autonomie et capacité d’adaptation.
Esprit d’équipe et aisance dans un environnement pluridisciplinaire.
Goût pour la bioinformatique appliquée à la santé et à la médecine de précision.
Informations pratiques
Type de contrat: Stage
Durée : 8 semaines
Période: 2026
Lieu : CHU Brest
Encadrement : Equipe CDC CHU Brest, Lourdes Velo Suarez: lourdes.velosuarez@chu-brest.fr