Mots-Clés
Génomique Bioinformatique Plantes Epigenetique
Description
- PROFIL DU POSTE
Identification de l’emploi :
N° de section CNU : 66, 68
Numéro du poste :
Référence Odyssée:
Profil succinct : MCU en physiologie végétale
Article de recrutement :
Date de publication :
Quotité de travail : 100 %
Niveau d’études demandé : Doctorat
Nombre de postes ouverts : 1
Domaine de recherche Euraxess :
Mots clés Odyssée : Physiologie et écophysiologie végétale, Biologie moléculaire végétale, Génomique végétale, Biologie intégrative
Date de recrutement : 01/09/2026
Lieux d’exercice :
Composante : UFR Sciences et Techniques
Lieu où s’exerce principalement le service d’enseignement : Campus d’Orléans
Autre(s) lieu(x) d’exercice possible :
Pôle ou Département d’affectation : Département de Biologie-Biochimie
Laboratoire (Nom, Type) : Laboratoire P2E (Physiologie Ecologie et Environnement) UR1207, USC1328 INRAE, Université d’Orléans
Profil d’enseignement :
Filières de formation concernées (préciser initiale et/ou continue) :
Licence Sciences du Vivant (L1 à L3), Master AETPF (Agrosciences, Environnement, Territoires, Paysage, Forêt) et Master MEEF SVT (Métiers de l’Enseignement, de l’Éducation et de la Formation en Sciences de la Vie et de la Terre). Une participation ponctuelle à la formation continue pourra être envisagée, en lien avec les thématiques de recherche de l’équipe. Des responsabilités sur des unités d’enseignement et possiblement un semestre de formation à termes seront envisagées en fonction des besoins.
Activités d’enseignement et besoins d’encadrement :
L’enseignement (CM, TD, TP) sera assuré dans le domaine des sciences du végétal (biologie, physiologie, biotechnologie, agronomie, génétique et génomique) de la L1 au M2.
En Licence, le/la candidat(e) interviendra sur des enseignements fondamentaux (biologie végétale, écologie, physiologie, génétique, biochimie, biostatistiques, introduction à la bioinformatique), contribuant à la formation généraliste des étudiants.
En Master AETPF, il/elle participera à des modules de spécialisation en physiologie végétale, biologie moléculaire, épigénétique, génomique fonctionnelle et analyses bioinformatiques, en lien direct avec les activités de recherche.
En Master MEEF SVT, il/elle contribuera à la formation disciplinaire des futurs enseignants, en apportant une expertise dans les sciences du végétal et en développant des approches didactiques adaptées.
Une implication dans des projets transversaux (projets tutorés, stages, encadrement de mémoires) est attendue, permettant de renforcer les liens entre enseignement et recherche.
Compétences requises :
Solides connaissances en biologie végétale, physiologie et biologie moléculaire.
Maîtrise des outils de génétique, génomique et bioinformatique appliqués au végétal.
Capacité à développer des enseignements innovants intégrant expérimentation, analyse de données et modélisation.
Aptitude à enseigner en français et, à terme, à contribuer à des enseignements en anglais, en cohérence avec l’ouverture internationale des formations.
Compétences et expériences souhaitées :
Des connaissances et expériences acquises notamment au cours de la thèse ou d’un postdoctorat ou ATER dans le domaine végétal/moléculaire/génomique/statistique et bioinformatique seraient souhaitables.
Une connaissance des pédagogies actives (apprentissage par projets, outils numériques) serait un atout.
Une expérience dans l’encadrement d’étudiants (stages de Licence, Master, doctorants) constituera une plus-value pour le développement des activités pédagogiques et de recherche intégrées.
La capacité à articuler les enseignements avec les axes de recherche (écophysiologie, épigénétique, phytomanagement) contribuera à renforcer l’attractivité et la cohérence de l’offre de formation.
Contact (nom, prénom et fonction dans la composante) : Dr. Fabienne Brule-Morabito (Directrice adjointe du département Biologie-Biochimie)
Mail : fabienne.brule-morabito@univ-orleans.fr Téléphone :
Profil Recherche :
Descriptif succinct du laboratoire/équipe de recherche :
Le laboratoire de Physiologie, Ecologie et Environnement (P2E) concentre ses activités sur deux grands thèmes :
1- La réponse des arbres aux contraintes environnementales, abiotiques et biotiques
2- Les mécanismes d’adaptation des insectes à la plante-hôte
Compte tenu des collaborations et des thèmes développés, une convention a été établie entre l’INRAE et le laboratoire, sous la forme d’une Unité Sous Contrat (USC INRAE 1328) depuis 2016. Les programmes de recherche du laboratoire s’intègrent dans la politique régionale de développement, en particulier dans le cadre des pôles de compétitivité AQUANOVA et Végépolys Valley et divers réseaux nationaux (GDR) ou internationaux (actions COST). Le laboratoire est structuré en 4 équipes : l’équipe « Neurobiologie et Neuropharmacologie des Canaux Ioniques » dirigée par le Pr. S. THANY ; l’équipe « Signalisation Cellulaire » dirigée par la Dr S. CARPIN ; l’équipe « Biodiversité, Ecologie et Evolution de l’Entomofaune Forestière » dirigée par la Pr. G. ROUX et l’équipe « Arbres et Réponses aux Contraintes Hydriques et Environnementales » (ARCHE, https://www.univ-orleans.fr/fr/p2e/equipes/arbres-et-reponses-aux-contraintes-hydriques-et-environnementales) dirigée par le Pr. S. MAURY et qui accueillera le/la candidat(e).
Le thème de recherche général de l’équipe ARCHE est l’étude des déterminants écologiques, physiologiques et moléculaires impliqués dans l’acclimatation, la résilience et l’adaptation des plantes dans un contexte de changements globaux. Cette approche intègre des échelles allant du gène à l’écosystème, en mobilisant notamment l’écophysiologie, la génomique, la bioinformatique, la physiologie et la biologie des systèmes.
L’équipe a un fort potentiel de publications, d’encadrement et de contrats de recherche depuis plusieurs années avec des partenaires nationaux et internationaux du secteur académique ou privé. Les travaux de recherche conduits par l’équipe sont réalisés en collaboration notamment avec plusieurs unités INRAE du département Ecologie et Biodiversité (ECODIV). L’équipe comprend trois axes thématiques (Ecophysiologie, Epigénétique et Phytomanagement) abordant ainsi des questions à différentes échelles, mais le cœur des travaux de recherche porte sur les arbres, le déficit hydrique et la pollution des sols (voir liens hypertexte ci-dessous). Elle est reconnue notamment pour ses contributions sur la mémoire épigénétique du stress chez les arbres, et ses liens avec la plasticité phénotypique et récemment les interactions plante–microbiote. La plupart des études sont menées sur un modèle biologique commun, à savoir les peupliers et de façon plus générale les arbres de la famille des Salicaceae, pour lesquels le groupe a une forte expérience et est reconnu depuis 20 ans. Le peuplier est depuis longtemps identifié par la communauté scientifique comme un modèle pour les études sur les arbres depuis son séquençage du génome. Sa forte sensibilité au déficit hydrique et son importance dans l’industrie du bois, combinées à d’autres raisons pratiques telles que la croissance juvénile rapide et la facilité de propagation clonale, en font un modèle pratique et pertinent pour les études sur les arbres. Ce modèle permet de combiner des approches expérimentales in vitro, in planta (stress contrôlés en conditions de serre ou de plein champ) et in silico (analyses multi-omiques intégratives). Ce modèle biologique commun assure l’unité d’ensemble au sein de l’équipe de recherche et favorise les interactions entre axes thématiques.
Les 3 axes thématiques de l’équipe ARCHE sont :
• Axe Ecophysiologie : étude des réponses des arbres au déficit hydrique, en intégrant les aspects morphologiques, physiologiques et métaboliques.
• Axe Epigénétique : exploration de l’épigénome comme source de plasticité phénotypique et d’adaptation en réponse aux contraintes environnementales (déficits hydriques, stress combinés, interactions biotiques), avec un intérêt fort pour les mécanismes de mémoire des stress.
• Axe Phytomanagement : phytoremédiation et écorestauration des milieux fortement anthropisés.
Activités de recherche et compétences requises :
Les activités de recherche seront menées au sein de l’équipe ARCHE et contribueront à renforcer le positionnement de l’équipe sur des approches fonctionnelles chez les arbres dans un contexte de changement climatique. Elles seront centrées sur les aspects moléculaires, épigénétiques, génomiques, bioinformatique et analyses de données multi-omiques, en lien direct avec les trois axes de recherche. Une implication majeure est attendue dans l’axe épigénétique, notamment pour développer des approches de cartographie des variations de méthylation, l’intégration multi-omique, et l’étude des réseaux de gènes associés aux réponses adaptatives. Des compétences en biologie computationnelle et en modélisation intégrative seront fortement valorisées.
Le/la candidat(e) pourra s’inscrire activement dans les dynamiques en cours (ANR EPIMYC et PEPR ADAAPT), en contribuant à l’animation scientifique, à la formation par la recherche et au développement de nouveaux partenariats.
Compétences souhaitées :
• Doctorat et plus (postdoc, ATER, CDD…) dans le domaine du végétal.
• Compétences en physiologie végétale, génomique, biologie moléculaire, statistiques et bioinformatique.
• Expérience dans l’étude de la régulation épigénétique des plantes est intéressante mais pas obligatoire.
• Capacité à travailler dans un cadre pluridisciplinaire et à interagir avec des partenaires académiques et privés.
• Intérêt pour l’encadrement d’étudiants, la diffusion des connaissances et l’animation de projets collaboratifs.
Moyens du laboratoire mis à disposition pour la personne recrutée :
Les travaux de recherche bénéficieront de l’intégration dans l’ANR EpiMyc (2024–2028) et le PEPR ADAAPT (2025–2030). Ils s’appuieront également sur les plateformes technologiques nationales avec lesquelles l’équipe travaille depuis plusieurs années et sur les dispositifs expérimentaux en serre et sur le terrain ainsi que sur le réseau de collaborations avec INRAE au sein du département ECODIV en particulier.
Contact (nom, prénom et fonction dans la composante) : Prof. Steeve Thany, directeur laboratoire P2E
Mail : steeve.thany@univ-orleans.fr Téléphone : 0238417058