Mots-Clés
Analyse transcriptomique en cellule unique
scRNAseq
transcriptomique spatiale en cellule unique
R
python
microenvironnement tumoral
immunologie
Description
Ingénieur(e) de Recherche en Bioinformatique — Analyse transcriptomique en cellule unique & spatiale (scRNA-seq / spatial transcriptomics)
Unité Inserm U955 – Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Créteil (94)
Type de contrat : CDD / 1 an (renouvelable)
Date de début souhaitée : 01/01/2026
Localisation : Faculté de Médecine, Hôpital Henri-Mondor, Créteil
Contexte
L’unité U955 (IMRB) mène des travaux de pointe sur le microenvironnement immunitaire dans les cancers humains, avec un intérêt particulier pour les populations myéloïdes (monocytes, macrophages, cellules dendritiques). La/le candidat(e) rejoindra une équipe multidisciplinaire d’immunologistes, bioinformaticien(ne)s et clinicien(ne)s, et participera au développement de pipelines analytiques visant à décrypter l’hétérogénéité cellulaire et les interactions entre cellules dans le contexte tumoral.
Missions principales
• Concevoir, adapter et mettre en œuvre des workflows d’analyse de données de scRNA-seq et de transcriptomique spatiale (notamment MERSCOPE ou technologies analogues).
• Développer des outils et modules analytiques (en R, Python ou autre langage pertinent) pour l’intégration de données, la visualisation, la classification cellulaire et l’inférence d’interactions cellulaires.
• Annoter, comparer et interpréter les sous-populations cellulaires identifiées, en lien avec les biologistes de l’équipe.
• Garantir la reproductibilité des analyses : mise en place de pipelines documentés (gestion des versions, tests, modularité).
• Participer à la valorisation scientifique : production de figures, rédaction de notes et de parties de publications.
• Contribuer à la diffusion des bonnes pratiques au sein de l’Institut : échanges avec les autres ingénieurs et bioinformaticiens, veille technologique.
Profil recherché / compétences
Compétences techniques
• Maîtrise des environnements Linux / HPC / etc.., et connaissance d’outils de gestion de tâches.
• Très bonne compétence en programmation (R, Python).
• Expérience ou connaissance des bibliothèques / outils pour scRNA-seq et spatial transcriptomics (Scanpy, Seurat, Squidpy, Anndata, etc.).
• Connaissances en statistiques, algorithmes de clustering, réduction de dimension, apprentissage automatique appliqué aux données biologiques.
• Usage de pipelines reproductibles (Snakemake, Nextflow, etc.), gestion de versions (Git), conteneurs (Docker / Singularity).
• Connaissance des principes de biologie moléculaire, transcriptomique, immunologie (appréciée).
Qualités personnelles / aptitudes
• Curiosité scientifique marquée, envie d’apprendre et de s’approprier les notions biologiques (immunologie, cancérologie).
• Capacité à communiquer efficacement avec des biologistes non spécialistes du code / de la modélisation.
• Autonomie, rigueur, sens de l’organisation.
• Esprit d’équipe, goût pour la collaboration multidisciplinaire.
• Ouverture à la veille technologique permanente, capacité d’adaptation aux évolutions méthodologiques.
Expériences souhaitées
• Expérience (stage, thèse, CDD) en analyse de données single-cell RNA-seq.
• Idéalement, expérience avec des données spatiales (MERSCOPE, Visium, ou technologies similaires).
• Toute expérience antérieure en immunologie, microenvironnement tumoral, ou études de populations cellulaires plaira fortement.
• Participation à des projets collaboratifs inter-équipes (biologie / bioinformatique).
Formation / niveau de diplôme
• Diplôme de niveau Master 2 (Bac +5) en bioinformatique, biologie computationnelle, biostatistique ou équivalent.
• Un doctorat en bioinformatique ou un domaine associé est un plus, mais non requis si expérience démontrée.
Conditions particulières d’exercice
Lieu : Unité Inserm U955 – Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Faculté de Santé de Créteil, 8, rue du Général Sarrail, 94010 Créteil cedex, FRANCE
Type et durée du contrat : Temps plein (38,5 heures/semaine) CDD Inserm de 12 mois, renouvelable.
Rémunération : Rémunération selon la grille de l’Inserm et selon diplômes et expérience.
Télétravail possible : OUI, maximum 2 jours par semaine
Modalités de candidature
• Dossier à adresser à : Charles-Antoine Dutertre – charles-antoine.dutertre@u-pec.fr
• CV + lettre de motivation + éventuels exemples de travaux / publications
• Date limite de candidature : 07/11/2025