Mots-Clés
Python
Django
NGS
Pipeline
Développement
Description
SOCIÉTÉ
Affilogic est une entreprise de biotechnologie créée en 2010 à Nantes qui développe une nouvelle génération de biothérapies ciblées, les Nanofitines®, capables de se lier spécifiquement à une grande variété de cibles et actuellement développés dans diverses indications thérapeutiques (inflammation, oncologie, neurologie…).
CONTEXTE
Sous la responsabilité de M. Julien LENOIR, vous rejoindrez une équipe de développeurs mettant à disposition du reste d’Affilogic des outils bioinformatiques d’assistance au laboratoire et de prédiction de propriétés biologiques. Cette équipe travaille actuellement sur un pipeline modulaire d’analyse de séquençages haut débit dans le but d’identifier de nouvelles Nanofitines d’intérêt thérapeutique.
Chaque module est dédié à une étape de traitement des séquences, tel que l’extraction, l’alignement, le contrôle qualité, le regroupement ou encore la prédiction de propriétés. Vous participerez à la conception, au développement et au déploiement de nouveaux modules.
Comme la plupart des outils développés par l’équipe de bioinformatique, ce pipeline sera utilisé par l’équipe scientifique, qui jouera un rôle important dans la conceptualisation des modules et de leurs interfaces. Ces échanges réguliers permettant l’adaptation de l’outil aux besoins de ses utilisateurs.
MISSIONS
Travaillant en binôme avec des membres de l’équipe de développement, vous participerez à :
- La conception, l’implémentation et la documentation de modules Python au sein du pipeline
- Le développement d’interfaces web (avec Django, Bootstrap, JavaScript) pour faciliter l’usage des outils par l’équipe scientifique
- L’intégration et le déploiement via Git et Docker
- La collaboration avec les utilisateurs pour tester les outils, recueillir les retours, affiner l’ergonomie
- L’amélioration continue des performances et de la maintenabilité du code
PROFIL RECHERCHÉ
- Étudiant-e en bioinformatique ayant un intérêt marqué pour le développement logiciel (alternance de niveau M2)
- Intérêt pour le traitement de données biologiques
- Goût pour le travail en équipe
FORMATION ET ACCOMPAGNEMENT
- Travail encadré en binôme, pour faciliter la montée en compétences et l’intégration à l’équipe
- Recours très limité aux outils d’IA de type Copilot/ChatGPT pendant la période initiale du projet, afin de renforcer autonomie et compréhension des techniques mobilisées
Lieu du stage : 24 rue de la Rainière – 44300 Nantes
Merci d’adresser votre candidature (CV + Lettre de motivation) par mail à Julien LENOIR, ingénieur R&D en bioinformatique : bioinformatics+stage2025@affilogic.com