Mots-Clés

virus géants MAGs métagénomique diversité virale

Description

Contexte et intérêt biologique

Les virus sont les entités biologiques les plus abondantes sur notre planète. Extrêmement divers, ils jouent des rôles très variés : régulation de populations d’organismes, implication dans des cycles écologiques, moteurs majeurs d’évolution… Ces rôles sont pourtant encore souvent mystérieux, et des pans entiers de la diversité virale restent encore à découvrir, notamment dans les océans.

Les virus géants du phylum Nucleocytoviricota sont particulièrement abondants dans les écosystèmes aquatiques, où ils infectent principalement et massivement du plancton eucaryote. Ce stage s’intègre dans un projet visant une meilleure compréhension de la diversité de ces virus, et de leur co-évolution profonde avec leurs hôtes eucaryotes.

De nombreuses données de séquençage génomique d’espèces marines sont maintenant accessibles, notamment via le projet PEPR ATLASea (https://www.atlasea.fr/), au cours duquel plus de 4500 espèces eucaryotes marines appartenant à des groupes taxonomiques variés sont en train d’être séquencées. La disponibilité de ces données représente une incroyable opportunité pour mettre à jour et explorer la diversité des virus géants séquencés de façon concomitante et/ou intégrés dans les génomes de leurs hôtes.

Approche scientifique

Le coeur du projet consiste en la génération de génomes environnementaux (metagenomic-assembled genomes) de virus géants à partir des données de séquençage disponibles, via des outils bioinformatiques associés à la métagénomique. La détection et la curation de gènes conservés caractéristiques des virus géants permettront leur identification et leur classification par des approches phylogénomiques et phylogénétiques.

Profil recherché

• Etudiant(e) en M2 dans un domaine approprié (bioinformatique, écologie microbienne, …)
• Compétences en bioinformatique
• Curiosité, rigueur

Encadrement

Lieu :

Genoscope - UMR8030 Génomique Métabolique - 2 rue Gaston Crémieux, Evry-Courcouronnes 91000 France

Encadrants :

Morgan Gaïa (diversité et évolution virale ; équipe LAGE/EVE)
Yann Dussert (métagénomique environnementale ; équipe LBGB)