Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Lactococcus garvieae diversité génomique virulence résistance aux antibiotiques

Description

Dans le cadre du projet LACTOTRUITE dédié à l’« Amélioration de la résilience de la filière truite face à l’émergence d’une bactériose en Bretagne, la lactococcose », vous serez amené(e) à
- Faire une synthèse bibliographique des connaissances à ce jour permettant de définir sur des critères génomiques l’espèce Lactococcus (L.) garvieae
- Générer, collecter, harmoniser des données de séquençage génomique issues de différentes sources (bases de données publiques, nos propres données, données brutes collectées auprès de partenaires …)
- Etudier la diversité génomique de l’espèce et proposer des méthodes de sous-typage adaptées à la caractérisation de cette diversité
- Identifier des marqueurs de virulence potentiels
- Identifier, le cas échéant, les supports génétiques de la résistance aux antibiotiques et les mécanismes de « diffusion » potentiels.
- Préciser les marqueurs différenciant L. garvieae de L. petaurii, une espèce très semblable impliquée dans des signes cliniques souvent confondus

Vous devrez pour cela vous appuyer sur des outils de génomique disponibles via la plateforme de séquençage de notre laboratoire ou toute autre ressource dont vous auriez connaissance. Des réunions régulières permettront le suivi scientifique du stage en lien avec les autres développements du projet. Lors de ces réunions, vous serez garant d’une bonne communication entre les bioanalystes et les bioinformaticiens. Les résultats attendus –essentiellement in silico- incluent de meilleures connaissances de la bactérie, sa virulence et sa résistance aux antibiotiques, le développement d’outils de détection et/ou sous typage.