Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

protéomique

Description

Stage M2 Bio-informatique à partir de début 2026 (6 mois)
Analyse de données de metaprotéomique

Laboratoire : Institut des Sciences Analytiques (ISA) – UMR5280
5 Rue de la Doua
69100 Villeurbanne
Equipe : AnabioMS – Analyses biologiques par spectrométrie de masse

Supervision : Julie Flecheux julie.flecheux@univ-lyon1.fr
Jérôme Lemoine jerome.lemoine@univ-lyon1.fr

Contexte
Notre corps abrite plus de micro-organismes que de cellules humaines. Longtemps sous-estimé, ce véritable écosystème influence non seulement la digestion, mais aussi l’immunité et la résistance aux infections. Aujourd’hui, le microbiote intestinal est reconnu comme un organe central dans le maintien de notre santé physique, mais aussi mentale avec une relation évidente entre le microbiote intestinal et le cerveau. Un déséquilibre (dysbiose) peut être associé à diverses pathologies, comme par exemple l’endométriose, ou l’obésité, et influençant même la réponse aux traitements antibiotiques. Pourtant, distinguer un microbiote sain d’un microbiote altéré reste un défi majeur.
Pour exploiter pleinement le potentiel thérapeutique du microbiote, il est essentiel de caractériser précisément les communautés microbiennes en présence et leur rôle fonctionnel. Cette identification repose principalement sur deux approches : la métagénomique et la culturomique. La métagénomique permet d’obtenir un aperçu global de la diversité microbienne, mais elle ne renseigne pas sur l’activité réelle des micro-organismes, tandis que la culturomique ne permet d’étudier que les espèces cultivables en laboratoire.

Sujet de stage
Une alternative prometteuse réside sur la protéomique en acquisition DIA (Data-independent acquisition) par spectrométrie de masse non ciblée, permettant une détection fine des bactéries du microbiote. Ceci a pour but d’identifier les espèces présentes et de mieux comprendre les réponses du microbiote aux perturbations (infections, antibiotiques, changements physiologiques…).
Les missions du stage consisteront à :
- Évaluer les outils bio-informatique de metaprotéomique disponibles dans la littérature à partir de données de standards en DIA, déjà caractérisés par métagénomique ;
- Identifier un pipeline informatique optimal pour l’identification des espèces bactériennes du microbiote ;
- Adapter et appliquer cette méthodologie à des échantillons réels de microbiote fécal ;
- Explorer des approches de quantification relative des espèces microbiennes au sein de mélanges complexes tels que le microbiote intestinal ;
- Réaliser des analyses différentielles sur des cohortes d’échantillons de microbiote afin d’identifier d’éventuels biomarqueurs microbiens.

Candidature
Les candidats devront envoyer leur CV à julie.flecheux@univ-lyon1.fr et jerome.lemoine@univ-lyon1.fr au plus tard le 1er décembre 2025. Les étudiants présélectionnés seront ensuite invités à un entretien.