Mots-Clés

visualisation pangénomique évolution web

Description

Stage – Développement web, visualisation de données génomiques

Unité d’accueil : UMR AGAP, CIRAD – Montpellier (site de Lavalette)

Encadrement : Marilyne Summo (CIRAD) marilyne.summo@cirad.fr, Jean-François Dufayard (CIRAD) jean-francois.dufayard@cirad.fr, Romain Guyot (IRD) romain.guyot@ird.fr
Durée : 6 mois
Période souhaitée : entre février et septembre 2026
Gratification : selon la réglementation en vigueur
Niveau : Master 2 Informatique ou Bioinformatique avec profil développement

Contexte

Ce stage s’inscrit dans le cadre du projet BRIDGE-COFFEA, qui vise à explorer la diversité génomique d’une soixantaine d’espèces du genre Coffea. Ce projet mobilise des données complexes issues du séquençage et de l’analyse comparative des génomes, telles que des informations sur les pangénomes, les groupes de gènes orthologues ou encore les relations phylogénétiques.
L’un des axes du projet consiste à rendre ces données accessibles et compréhensibles grâce à des outils de visualisation interactifs adaptés aux besoins des chercheurs et des partenaires du Sud.

Objectif du stage

L’objectif du stage est de développer une application web de visualisation interactive des données issues du projet, avec une première version fonctionnelle intégrant les points suivants :
Modélisation et intégration des données dans une base NoSQL (de type MongoDB) afin de faciliter les requêtes côté application,
Développement d’un prototype d’interface web pour explorer les données génomiques et les mettre en relation à différentes échelles :
Vue par génome individuel,
Vue comparative sur le pangénome,
Vue phylogénétique entre espèces,
Visualisation des orthologues ou groupes de gènes partagés.
Documentation du code et de l’architecture mise en place, en vue d’une intégration future dans un portail web plus large.
Le livrable attendu est une application web générique (fonctionnelle avec un jeu de données de test), accompagnée d’une documentation technique.

Compétences attendues

Maîtrise du développement web (HTML, CSS, JavaScript)
Familiarité avec une bibliothèque de visualisation (D3.js, Chart.js ou équivalent)
Notions de backend (Python ou Node.js) appréciées
À l’aise avec les formats structurés : JSON, GFF
Autonomie, rigueur, sens du travail bien fait
Intérêt pour les projets en lien avec la recherche scientifique
Des connaissances en biologie ou en génomique ne sont pas requises, mais une curiosité pour le domaine sera un plus.

Conditions

Note importante : nous sommes prêts à considérer un niveau autre que Master, comme par exemple un.e étudiant.e en IUT, selon son affinité avec le développement.

Le stage se déroulera à Montpellier, sur le site du CIRAD Lavalette. Un encadrement technique et scientifique sera assuré tout au long du stage, avec des points d’avancement réguliers. Selon l’organisation du travail et les préférences du/de la stagiaire, un télétravail partiel pourra être envisagé.
Les dates de prise de fonction sont modulables selon votre formation et vos dates de stage programmées.