Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

A. vulgare, Arthropodes, Immunité inné, Symbiose, Peptidomique, Spectrométrie de masse - Peptides antimicrobiens bioinformatique

Description

Résumé :
Comme tous les arthropodes, les isopodes terrestres dépendent uniquement de l’immunité innée pour se défendre contre les agents pathogènes. La reconnaissance du non-soi entraîne des réponses cellulaires et humorales. Chez les crustacés, les hémocytes en sont des acteurs majeurs en phagocytant ou encapsulant des microorganismes étrangers et en stockant dans leurs granules (i) les cascades de coagulation et du système phénoloxydase (PO) et (ii) des peptides antimicrobiens (PAMs). Les protéines et les peptides libérés ainsi dans l’hémolymphe tuent alors les bactéries, champignons, virus et parasites envahissants, aidés par les composés réactifs générés par la cascade PO.
Le projet PHArma se propose donc d’établir un répertoire le plus exhaustif possible des molécules de défense présentes dans l’hémolymphe d’Armadillidum vulgare. Pour cela, nous avons développé une approche sans a priori in-vivo à partir de l’hémolymphe prélevée sur des femelles asymbiotiques ou porteuses de Wolbachia (la bactérie endosymbiotique la plus répandue dans le règne animale) challengées ou non par Salmonella. Les protéines ont été extraites, ont subi une digestion trypsique et ont été analysées avec un système nano LC-TimsTOF (Proteogen). L’identification des protéomes plasmatiques par superposition spectrale a été réalisée à partir d’un logiciel DIA-NN en utilisant les bases de données incluant les génomes d’A. vulgare. A l’issue de ces analyses en spectrométrie de masse, plus de 1200 protéines ont été détectées.
L’objectif de ce stage est de réaliser des analyses comparatives à partir de ces résultats afin d’identifier les protéines différentiellement présentes dans l’hémolymphe des différents types de femelles. L’étude de l’ensemble des protéines ainsi identifiées contribuera à caractériser (i) les acteurs moléculaires de l’immunité d’A. vulgare mais également (ii) l’interaction de Wolbachia avec le système immunitaire d’A. vulgare et son rôle en tant que symbiote protecteur. Parmi les protéines identifiées, ont été trouvés des peptides antimicrobiens non encore décrits dans la littérature. Ceux-ci pourront être caractérisés par différents tests d’activités (bactéricide, bactériostatique, antibiofilms….).
Références Bibliographiques : doi: 10.1016/j.dci.2017.05.010/ doi: 10.3389/fmicb.2015.01388 / doi: 10.1016/j.jip.2023.107893 / doi: 10.1007/s00726-023-03251-y
Techniques, méthodologies mises en oeuvre :
Analyse bio-informatique de nombreuses données par des outils logiciels spécifiques, pour une meilleure description et compréhension des réseaux protéiques.
Microbiologie : culture microorganismes, test antimicrobiens…
Compétences particulières souhaitées :
Le(la) candidat·e souhaité·e devra avoir des connaissances en biochimie des protéines et connaître l’approche protéomique par spectrométrie de masse pour l’identification de protéines. Des aptitudes dans la manipulation d’outils bio-informatiques sont nécessaires.
Des connaissances en microbiologie seraient un atout.
Rigueur, bonnes capacités rédactionnelles