Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

métabolomique workflow bioinformatique

Description

Présentation de la plateforme

Créée en 2021, la Metabolomics Core Facility (MCF) de l’Institut Pasteur accompagne les équipes de recherche du campus dont les projets requièrent une caractérisation fine du métabolome. La plateforme s’appuie sur :

• des instruments de pointe en spectrométrie de masse,
• une équipe d’ingénieurs en chimie analytique et bio-informatique,
• un savoir-faire couvrant l’ensemble de la chaîne : préparation d’échantillons, acquisition, traitement et interprétation des données.

La métabolomique restant un champ en plein essor, les méthodes et pipelines informatiques sont encore hétérogènes. Bien que la MCF ait identifié les meilleures pratiques pour chaque étape, il reste à concevoir un workflow intégré, réutilisable et documenté, applicable à l’ensemble des projets.

Objectifs du stage

Le ou la stagiaire aura pour mission de :

• Effectuer une veille bibliographique et logicielle afin de sélectionner les approches les plus robustes pour le pré-traitement et l’analyse statistique de données métabolomiques.

• Concevoir, implémenter et documenter un pipeline complet (Snakemake, Nextflow ou équivalent) couvrant :
  – conversion des fichiers bruts, détection/alignement des pics,
  – annotation, contrôle qualité, normalisation,
  – analyses statistiques et visualisation.

• Tester et comparer ce workflow sur des jeux de données réels produits à la plateforme.

• Préparer la mise en production sur le cluster HPC de l’Institut Pasteur et rédiger un guide utilisateur.

Profil recherché (Master 2 bio-informatique / biologie computationnelle)

Compétences indispensables

• Excellente maîtrise de Python et du shell Unix.
• Connaissance de Git et du travail en ligne de commande.
• Bon niveau d’anglais écrit et oral.

Compétences appréciées

• Expérience avec un système de gestion de workflows (Snakemake, Nextflow, CWL…).
• Notions de calcul haute performance (HPC).
• Intérêt marqué pour la biologie et la métabolomique ; première expérience des données de spectrométrie de masse bienvenue.

Ce que nous offrons :

• Immersion au sein d’une équipe pluridisciplinaire au cœur de l’Institut Pasteur.
• Accès à des instruments et à des données de dernière génération.
• Contribution à un projet open-source potentiellement valorisable par une publication.
• Gratification mensuelle selon la réglementation en vigueur (stage de 4 à 6 mois, date de début flexible).