Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

évolution phylogénomique naissances et pseudogénitions sélection positive polluants éternels variabilité entre espèces

Description

Chez les animaux domestiques en médecine vétérinaire, il y a une grande variabilité dans la capacité à éliminer les polluants éternels (PFAS), donc dans la pharmacologie et pharmacocinétique de ces molécules. Un premier examen des différents gènes impliqués dans cette métabolisation suggère que ces gènes évoluent particulièrement vite, par naissances de gènes, pertes de gènes spécifique d’espèces, et par une sélection positive massive. Le but de ce stage sera d’effectuer une étude exhaustive de ces naissances et pertes de gènes (en retrouvant les cadavres des gènes supposés morts par des tBlastn sur leur génome), et de tester l’hypothèse que ceux qui sont actifs sont soumis à une sélection positive, en utilisant Codeml en ligne de commande. Ce travail sera effectué dans les génomes du chien, du chat, de la vache, du mouton, du porc, du cheval, de la poule et de l’Homme, + autres espèces séquencées.

Ce travail est une réplique de celui effectué sur les gènes impliqués dans la métabolisation des xénobiotiques, travail effectué par une étudiante de Rennes cette année 2025, et qui donnera un article scientifique primaire de renommée internationale en 2026 (le papier sera soumis fin novembre). Le travail proposé ici aboutira aussi et sans aucun doute à un article scientifique de même rang avec le nom de l’étudiant en premier(e) auteur.