Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Galaxy eDNA Metabarcoding OBItools MNHN

Description

Contexte

Le stage s’inscrit dans un programme portant sur la biodiversité benthique en Antarctique de l’Est. De part sa position géographique unique, l’océan Austral abrite une faune exceptionnellement diversifiée et abondante mais qui demeure encore mal connue. Le programme REVOLTA, soutenu par l’IPEV, 2013-2017 (porteurs Marc Éléaume et Cyril Gallut) a permis de déployer neuf ARMS (Autonomous Reef Monitoring Structures) afin d’étudier la cryptofaune benthique de l’archipel de Pointe Géologie. L’étude de ce matériel fait l’objet du travail de thèse de Morgane Durand avec pour objectif d’inventorier cette faune et d’étudier sa dynamique de recrutement. Pour ce faire, le projet repose sur le métabarcoding, combinant différents marqueurs génétiques : COI, 16S, et 18S. Cette approche permet d’obtenir un portrait plus complet des communautés benthiques, en capturant la diversité de différents taxons difficiles à observer par les méthodes classiques.
Ce stage a pour objectif d’appliquer les principes FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) aux workflows bioinformatiques développés dans ce projet, afin de rendre ces analyses reproductibles et accessibles à une large communauté à travers la plateforme Galaxy.

Méthodes et techniques proposées :

Installer et configurer dans Galaxy tous les modules nécessaires au traitement des séquences metabarcoding.
Développer un tutoriel interactif pour les utilisateurs débutants : nettoyage des reads, filtrage, clustering et assignation taxonomique.
Adapter le workflow pour gérer automatiquement plusieurs marqueurs génétiques et produire des rapports consolidés pour les assemblages d’espèces.
Rendre le/les workflow(s) le plus FAIR possible, avec des formats standardisés, une mise à disposition sur l’instance européenne de Galaxy Ecology et un dépôt sur Galaxy IWC et WorkflowHub, et documentation complète pour la réutilisation par la communauté.
Rédiger un technical paper décrivant le workflow, ses performances et son application à nos données, afin de valoriser la reproductibilité et l’ouverture des données.