Mots-Clés
métagénomique clinique
surveillance épidémiologique
génotypage
résistance
NGS
virus
microbiologie
phylogénie
génomique
Description
MISSIONS
* Etre référent sur des projets variés allant du séquençage de pathogènes ciblés aux approches omiques au sens large pour le diagnostic, la surveillance et la recherche translationnelle.
* Aider à la gestion des demandes venant des différentes équipes du laboratoire.
* De manière autonome, évaluer, choisir, adapter et implémenter les méthodes d’analyses répondant aux besoins biologiques.
* Pouvoir participer à la gestion des pipelines d’analyse sous une forme souple, facilement maintenable et produisant des résultats reproductibles (Nextflow, Singularity).
* Adapter/modifier les pipelines développés en interne en fonction des nouveaux besoins.
* Collaborer avec la Cellule Bio-informatique des HCL et la DSI pour harmoniser les pratiques et gérer le parc de serveurs de calcul et garantir le flux et la pérennité des données, du séquençage au stockage.
QUALIFICATIONS
Etre titulaire d’un diplôme en bioinformatique ou biologie computationnelle ou génomique (diplôme d’ingénieur ou thèse)
* Expérience d’analyse des données de NGS et préalable de développement logiciel,ou bien dans un environnement soumis à des contraintes de production(laboratoire médical, plateforme de service bioinformatique, hôpital…), constituerait un atout.
* Expérience préalable en analyse de données de séquençage bactérien, viral et fongique est fortement souhaitée.
* Expérience de réponse aux besoins des non-initiés à la bio-informatique est fortement souhaitée.
COMPETENCES
* Maîtrise des outils et environnements de bioinformatiques : langages de programmation(Unix, R, Python, bash, Nextflow), outils de traitement de séquences : (BWA, Bowtie2, SPAdes, FastQC, SAMtools, GATK..).
* Formation en microbiologie en sus de la formation bio-informatique valorisée.
* Connaissance des environnements de calcul scientifique et d’un ordonnanceur (OAR, SLURM…) appréciée.
* Connaissance en phylogénie et des bases de données publiques de génétique (RefSeq, Ensembl…) appréciée.
SAVOIR-ETRE
* Rigueur scientifique, aptitudes organisationnelles.
* Aptitudes relationnelles et goût pour le travail en équipe.
* Bonne maîtrise de l’anglais scientifique et technique.
* Aptitudes à la rédaction de méthodes et d’articles scientifiques (français et anglais).
EQUIPE
La plateforme de génomique à visée diagnostique et épidémiologique des maladies infectieuses (genEPII) est intégrée à l’institut des Agents Infectieux (IAI) qui regroupe les activités de Virologie, Bactériologie et Parasitologie-Mycologie. A cela, s’ajoutent 4 Centres Nationaux de Référence (CNR) de Bactériologie et de Virologie. Les CNR réalisent des analyses spécialisées afin de répondre aux missions d’expertise et de conseils qui lui sont confiées par Santé Publique France. En lien avec les CNR, la plateforme genEPII est en charge de la caractérisation génomique de différents pathogènes dont le SARS-CoV-2, les virus de la grippe, les Légionelles et les Staphylocoques. La plateforme, située sur le site de l’hôpital de la Croix-Rousse, regroupe une équipe motivée et dynamique, constituée de techniciens, ingénieurs, bioinformaticiens et de biologistes. Elle est équipée avec les technologies de séquençage les plus innovantes actuellement.
CONDITIONS D’EMBAUCHE
* Poste à 100%, sur la base de 7h48/ jour (+20 min de repas) CDD avec évolution en CDI.
* 20 RTT (journée de solidarité à déduire) et 28 CA /an.
* Horaires adaptés à l’organisation du travail.
* Possibilité de jours de télétravail.
* Échelon initial selon l’expérience et le diplôme. Évolution selon la grille indiciaire de la fonction publique hospitalière.
* Prise en charge de 75% de l’abonnement de transport en commun et Comité d’Entreprise