Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

réisitance aux antibiotiques Acinetobacter baumannii NGS/MinION comparaison de séquences assemblage d'un génome

Description

Étude du système de sécrétion de type VI chez des souches clinique de Acinetobacter baumannii.

Les antibiotiques sont essentiels pour le traitement des infections bactériennes en santé humaine. Cependant, ces dernières années, l’émergence de bactéries multirésistantes compromet leur efficacité. Acinetobacter baumannii est une bactérie particulièrement crainte en milieu hospitalier de par son implication dans les infections nosocomiales mais aussi par sa forte capacité à persister dans l’environnement hospitalier (1,2). Par ailleurs, cette bactérie est capable d’acquérir de nombreux mécanismes de résistance aux antibiotiques pouvant engendrer des situations d’impasse thérapeutique (2). Afin de parvenir à traiter les patients dans ces situations, de nouvelles options thérapeutiques sont nécessaires de toute urgence. Récemment, une nouvelle stratégie a vu le jour : le blocage des facteurs de virulence. En effet, les molécules anti-virulences pourraient être une alternative prometteuse aux traitements antibiotiques conventionnels. Un des avantages de cette stratégie est la moindre pression de sélection. Les connaissances sur les nombreux facteurs de virulence de A. baumannii ne cessent d’augmenter ces dernières années. Dans cette étude, nous prévoyons de cibler une nanomachine de virulence : le système de sécrétion de type VI (T6SS), une nanomachine de virulence largement répandu chez les bacilles à Gram négatif (3). Il est maintenant bien démontré que T6SS intervient dans la compétition bactérienne, l’infection des cellules eucaryotes, l’acquisition de matériel génétique étranger et d’ions métalliques ainsi que dans la formation de biofilm (4). A ce jour, l’implication de T6SS en tant que facteur de virulence chez A. baumannii est controversée. Ainsi, l’objectif de ce travail sera d’obtenir par NGS (MinION) le génome complet de souches de A. baumannii d’une collection. Ces génomes seront ensuite criblés pour la présence de T6SS. Pour toutes les souches hébergeant T6SS, une comparaison sera alors effectuée quand à la composition exacte de T6SS et sa localisation dans le génome? Enfin, les souches seront comparées entre elles afin de voire si elles sont clonales ou non.