Mots-Clés

pipeline système immunitaire santé ngs alignement de séquences python interface web

Description

CDD d’ingénieur d’étude/recherche en bioinformatique d‘1 an

Inria recrute en CDD de 12 mois un·e ingénieur⋅e support et développement en bio-informatique pour le consortium VidjilNet, afin d’assister les structures hospitalières ayant choisi de travailler avec le logiciel Vidjil pour l’analyse bio-informatique des données de séquençage.

Définition du poste et du service.

La plateforme logicielle Vidjil traite les données de séquençage haut-débit dans le cadre de l’analyse de répertoire immunitaire,
et plus particilièrement dans le diagnostic et le suivi des leucémies.
Elle a deux versants, l’un en recherche bioinformatique, l’autre en routine hospitalière.
La plateforme est déjà utilisée en routine hospitalière par plus d’une trentaines d’équipes à travers le monde.

La plateforme repose sur 3 composants principaux:
* Algorithme: pièce centrale du projet, elle permet d’analyser les données de séquençage pour en tirer des informations structurées sur le repertoire immunogénétique.
* Serveur: Il permet de manipuler les données, de les charger et les organiser, ainsi que de lancer des pipelines d’analyses bioinformatiques prédéfinis
* Client: Il s’agit d’une page de visualisation interactive permettant aux cliniciens d’explorer les données pour poser un diagnostic.

Le projet rentre en phase d’incubation pour la création d’une startup qui devrait être lancée en fin d’année 2026.
Dans le cadre de ce contrat d’un an, l’ingénieur⋅e aura la charge d’assurer le support de premier niveau auprès des utilisateurs, jusqu’à la création de la startup qui assurera ensuite ces missions.
En sus du support de premier niveau, l’ingénieur⋅e prendra en charge les évolutions du logiciel (principalement sur les aspects clients et potentiellement les aspects algorithmiques) prévus sur les prochains mois par le comité scientifique et technique du consortium VidjilNet.

L’employeur sera l’Inria et sera localisé au centre Inria de l’université de Rennes, sur le campus de Beaulieu.
Le contrat sera effectué au sein de l’équipe porteuse du projet de startup composé d’un bioinformaticien et d’un ingénieur logiciel.

Salaire à définir selon ancienneté et compétence.

Missions

D’une part, l’ingénieur·e contribuera au développement et à l’optimisation de la plateforme web Vidjil (client/serveur) pour répondre aux perspectives dressées par le comité scientifique et technique pour les prochains mois.

D’autre part, l’ingénieur⋅e participera au support sur Vidjil pour l’analyse de la clonalité, de la maladie résiduelle ou des répertoires pathologiques. Il pourra mener aussi des actions de formation auprès des utilisateurs.
L’ingénieur⋅e prendra également en compte les rapports de bugs et suggestions d’évolutions, en particulier sur le versant bioinformatique et de son interface web, après priorisation.
L’ingénieur⋅e peut aussi réaliser des prototypes exploratoires destinés à explorer la faisabilité de certaines demandes d’évolutions.

Activités exercées

• Participer aux développements sur le logiciel, en fonction des priorités définies sur la feuille de route du consortium
• Fournir un support de premier niveau, intervenir sur les dysfonctionnements.
• Rendre compte régulièrement du travail entrepris et prévu auprès de ses responsables.
• Coordonner ses interventions avec les autres personnels travaillant pour le consortium VidjilNet
• Contribuer à la promotion du consortium VidjilNet
• L’animation de réunions et séminaires d’échanges avec la communauté
• Apporter un support en bio-informatique aux utilisateurs de vidjil

Compétence recherchées

Compétences techniques attendues

• Maîtriser les languages Python, JavaScript, bash
• Avoir une expérience de git
• Expériences sur le traitement des données de séquençage à haut débit
• Connaissances en algorithmique des séquences

Capacités personnelles

• Diplôme souhaité : M2 bio-informatique ou PhD
• Envie de travailler en équipe, d’échanger avec de nombreuses équipes différentes
• Capacité à communiquer avec des non spécialistes
• Sens de l’organisation, rigueur, esprit critique.
• Capacité à assurer un reporting clair et régulier.
• Maîtrise de l’anglais scientifique, à l’oral comme à l’écrit

Compétences complémentaires:

• Compétences dans les langages ou technologies: C++, gitlab-ci, docker
• Une expérience d’au moins 2 ans serait un plus.
• Expérience en immunologie
• Expérience en santé

Perspectives

La startup en cours de montage est susceptible de proposer un poste pour un⋅e ingénieur⋅e en bioinformatique en 2027.

Références:

• (web application, updated algorithm, patient/experiment/sample database) Marc Duez, Mathieu Giraud, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Mikaël Salson, Florian Thonier, Vidjil: A web platform for analysis of high-throughput repertoire sequencing, PLOS ONE, 11(11):e0166126 (2016), doi:10.1371/journal.pone.0166126
• (algorithm) Cyprien Borée, Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Alignment-free detection and seed-based identification of multi-loci V (D) J recombinations in Vidjil-algo, Peer Community Journal, 5 (2025), doi:10.24072/pcjournal.547
• (algorithm) Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Christophe Roumier, Claude Preudhomme, Martin Figeac, Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing, BMC Genomics, 15:409 (2014), doi:10.1186/1471-2164-15-409
• (protocol for marker identification in ALL) Patrick Villarese et al., One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia, Immunogenetics, Methods in Molecular Biology 2453, 2022, pp. 43-59, doi:10.1007/978-1-0716-2115-8_3
• (protocol for assessment of mutational status in CLL) Anne Langlois de Septenville et al., Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia, Immunogenetics, Methods in Molecular Biology 2453, 2022, pp. 153-167, doi:10.1007/978-1-0716-2115-8_10

Votre qualité de vie à Inria

En rejoignant Inria, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

• De 35 jours de congés + 10 RTT par an (pour un temps plein)
• d’un soutien à la parentalité : CESU garde d’enfants, prestations pour les loisirs ;
• de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
• d’un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
• de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
• d’activités sportives et culturelles ;
• d’une restauration collective.
• Possibilité d’avoir des jours de télétravail après 6 mois d’ancienneté.