Mots-Clés

Bioinformatique Alphafold Docking Chaîne de traitements

Description

Sujet du stage

Dans le cadre d’un projet de recherche transversal impliquant le Laboratoire d’Informatique Fondamentale et Appliquée de Tours (LIFAT) et l’UMR INRAE 1282 Infectiologie et Santé Publique (ISP), nous cherchons à mettre en place une chaîne de traitement pour aider à la sélection automatique d’anticorps d’intérêt. Le projet, dans sa globalité, vise le développement d’un biomédicament anti-infectieux ciblant Streptococcus agalactiae — une bactérie responsable de la majorité des infections néonatales chez l’Homme, avec un taux de mortalité de 10% et un taux de séquelles chez les survivants de 25 à 30% — comme alternative à un traitement antibiotique administré aujourd’hui de façon préventive, et dont les effets secondaires non désirables sont marqués. La dizaine d’anticorps candidats à identifier parmi une base de plus d’un millier de séquences, fera ensuite l’objet d’études plus poussées (longues et coûteuses) en laboratoire.

Un certain nombre d’outils ont d’ores et déjà été testés : des outils de prédiction de la structure des anticorps à partir de leur séquence comme AlphaFold en particulier, mais aussi des outils de prédiction de leur affinité (« docking ») avec la cible. Les résultats préliminaires, obtenus dans le cadre d’un premier stage ingénieur sur des données Covid, sont prometteurs, mais encore trop fragiles, et nous incitent donc à poursuivre ce travail dans le cadre d’un second stage. L’analyse de ces premiers résultats nous a notamment permis d’identifier et de jalonner les prochaines étapes du projet.

Ce sujet est principalement destiné à des étudiants de M2 en Bioinformatique ou Informatique, ou en fin de cycle ingénieur. Les candidats de M1 ou en 4ème année de cycle ingénieur seront également considérés.

Compétences et profil “idéal” attendus

• un intérêt pour les problèmes de bioinformatique,
• une connaissance des outils d’apprentissage, de leurs usages et de leurs limites,
• une connaissance des outils de scripting (shell et/ou Python),
• une capacité à dialoguer avec des non-spécialistes.

Encadrants

• Ronan Bocquillon (LIFAT), ronan.bocquillon@univ-tours.fr,
• Sabine Barrat (LIFAT).

Dates et Durée

Jusqu’à 6 mois entre février et août 2026 (à ajuster selon vos contraintes).

Lieu d’exercice

Laboratoire d‘informatique Fondamentale et appliquée de Tours
Polytech Tours - 64 avenue Jean Portalis
37200 Tours

Indemnité de stage

4.35 € / heure (en 2025 ; le cadre légal pour 2026 n’est pas encore connu).