Mots-Clés
JavaScript
biologie moléculaire
immunologie
immunogénétique
JSON
Description
Contexte du stage :
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Sujet : Création d’un outil de visualisation de séquences nucléotidiques en Javascript
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Date et Durée : 2 mois, début en février-mars
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Encadrement et environnement de travail : Le stage se déroulera au sein de l’équipe IMGT de l’Institut de Génétique Humaine (IGH), unité mixte de recherche du CNRS et de l’Université de Montpellier. L’équipe est localisée à la Faculté de Pharmacie de Montpellier. L’étudiant·e sera encadré·e par Guilhem Zeitoun, ingénieur d’études en bioinformatique.
A propos d’IMGT :
IMGT, the international ImMunoGeneTics information system®, a été créé en 1989 afin de caractériser les gènes et allèles impliqués dans la synthèse des immunoglobulines (IG) ou anticorps, et les récepteurs des cellules T (TR) des vertébrés. L’IMGT® est une ressource intégrée pour les séquences, les gènes et les structures de l’IG, TR et des protéines majeures d’histocompatibilité (MH) des réponses immunitaires adaptatives, ainsi que d’autres protéines de la superfamille IG (IgSF) et de la superfamille MH (MhSF) des vertébrés et invertébrés. L’IMGT® comprend 7 bases de données, 17 outils en ligne et >20 000 pages de ressources Web.
Dans ce contexte, le stage s’inscrit dans les activités de développement d’IMGT et consistera à concevoir un outil interactif de visualisation des séquences nucléotidiques afin de faciliter l’exploration, l’annotation et la compréhension des données immunogénétiques.
Objectif du stage :
L’étudiant·e aura pour mission principale de créer un outil en JavaScript (sur le navigateur web de l’interface original) permettant la visualisation de séquences nucléotidiques (avec leur traduction) et des élements nucléotiques qui y sont contenues à partir d’un fichier JSON contenant ces entités.
Il faudra que cet outil soit dynamique avec la possibilité de l’utilisateur de pouvoir modifier les différentes données des entités et de sauvegarder sur le fichier JSON ces modifications et ajouter des notes.
D’autres composants visuels ou techniques seront demandés, selon les compétences et les aspirations du stagiaire, avec pour code JavaScript et en entrée-sortie un fichier JSON généré.
Profil recherché
Nous recherchons un·e étudiant·e en L3 ou M1 d’Informatique ou Bioinformatique, motivé·e par le développement en JavaScript avec des outils de visualisation orienté pour la biologie moléculaire.
Les compétences suivantes seront particulièrement appréciées :
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Maitrise de Javascript, utilisé ou non via des frameworks
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Connaissance générale en biologie moléculaire
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Connaissance générale du format de fichier JSON et des interfaces web
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Bonne pratique de programmation (documentation, commentaire, versioning de code Git)
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Connaissance des environnements Unix et Windows