Mots-Clés
Inserm
Nantes
Multi-omiques
Microbiote
Metagénomique
AxeIntestinCerveau
Description
Structure d’accueil
L’unité U1235-TENS (The Enteric Nervous System in gut and brain disorders).
Mission principale
La personne recrutée aura pour mission d’analyser les données multi-omiques issues des projets du laboratoire visant à mieux appréhender le rôle des interactions entre le microbiote intestinal et le tube digestif dans le cadre de l’étude de pathologies inflammatoires de l’axe intestin cerveau et dans l’étude de la réponse du tube digestif à des approches thérapeutiques innovantes.
Activités principales
· Analyse de données omiques (analyses multi-variées, analyses différentielles, intégration de données multi-omiques)
· Assurer la gestion des données (sauvegardes, stockage)
· Assurer la gestion de code (Gitlab)
· Veille scientifique
· Participation à la rédaction des articles scientifiques
· Participation aux activités du Hub de Bioinformatique de la plateforme BiRD
Connaissances
· Bonne connaissance des approches de bioinformatique et biostatistique pour l’analyse de données omiques à grande échelle
· Maîtrise des environnements Linux
· Connaissance de différents langages de programmation : R et Python
· Maîtrise des outils de gestion de versions des codes source (git, GitLab)
· Expérience avec un système de gestion de workflows (Snakemake en priorité)
· Expérience avec Slurm dans l’utilisation d’un cluster de calcul haute performance (HPC) serait un plus.
Aptitudes
· Organisation, rigueur scientifique
· Communication, bon relationnel
· Curiosité scientifique
Expérience souhaitée : 2 ans
Niveau de diplôme et formation : Master 2 en Bioinformatique ou équivalent