Mots-Clés
Legionella
bioinformatic
base de données
Description
L’Institut des Agents Infectieux (IAI) regroupe les activités de Virologie, Bactériologie et Parasitologie-Mycologie en plateaux technologiques de biologie moléculaire, sérologie, et en secteurs conventionnelles. A cela, s’ajoutent 4 Centres Nationaux de Référence de Bactériologie et de Virologie. L’IAI est situé sur le site de l’hôpital de la Croix-Rousse.
Le Centre National de Référence des Légionelles, pour lequel cet emploi est à pourvoir, assure les missions définies par le décret n° 2016-806 du 16 juin 2016 relatif aux centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et par l’arrêté du 16 juin 2016 fixant le cahier des charges des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles. Il réalise des analyses spécialisées afin de répondre aux missions d’expertise, de conseils, de contribution à la surveillance épidémiologique et d’alerte qui lui sont confiées par Santé Publique France.
MISSIONS
• Mettre en œuvre et/ou développer des nouveaux outils bioinformatiques
• Participer à l’analyse des données génomiques générées par l’étude nationale LEGIODOM
• Développer l’analyse des données génomiques obtenues par des approches de capture par hybridation.
• Participer à l’amélioration continue de la base de données du CNR des Légionelles
• Mettre à jour ses connaissances et compétences en fonction des besoins de l’activité
QUALIFICATIONS
• Niveau BAC +5 et éventuellement d’un doctorat
• Expérience en bio-informatique, génie des données ou un domaine similaire
• Expérience dans la gestion de projet
COMPÉTENCES
• Maitrise des outils de bio-informatique et de gestions de base de données (NextFlow, Qiime2, etc…)
• Bonne connaissance de linux, python ou perl
• Maitrise des fondamentaux en statistiques mathématiques (calcul des probabilités, tests statistiques, vraisemblance, …)
• Connaissance de l’anglais technique et scientifique (niveau B1)
• Maitrise des outils bureautiques et logiciels métiers
SAVOIR-ÊTRE
• Sens de l’organisation, rigueur méthodologique, soucis de perfectionnement
• Capacité à gérer des projets avec des délais définis en autonomie, curiosité intellectuelle
• Sens des responsabilités, esprit d’initiative et facultés d’adaptation
• Esprit de synthèse et adaptabilité
• Qualité humaines et relationnelles, comportement adapté dans l’environnement hospitalier et les relations avec autrui
• Respect de la confidentialité et du secret professionnel
LES CONDITIONS DE VOTRE EMBAUCHE
• CDD d’un an à temps plein, classé à repos fixe. 28 CA, 20 RTT sur la base minimum de 39 heures hebdomadaires.
• Le profil de poste est sujet à modifications (horaires, périmètres d’intervention…) afin d’être adapté aux évolutions de fonctionnement du service (activité, horaires d’ouverture, environnement institutionnel…).
• Prise en charge de 75 % de l’abonnement transport en commun TCL
PLAGE DE SALAIRE
Selon l’expérience et le niveau de formation par référence aux grilles des Hospices Civils de Lyon