Mots-Clés
Oncologie
microbiologie
génétique
médecine
Description
MISSIONS
• Mettre en place et maintenir les outils informatiques nécessaires au traitement et à la gestion des données générées par la technologie de NGS en biologie médicale.
• Communiquer les résultats (présentations orales internes, rapports).
• Former internes, biologistes et ingénieurs de la plateforme NGS à l’utilisation des logiciels permettant de mieux comprendre et interpréter les résultats.
• Gérer le serveur dédié du CHU (mise à jour des outils, gestion des droits, suivi du stockage).
• Être le support technique de première ligne sur les séquenceurs.
• Valoriser les outils développés sous forme de communications ou article selon le profil du/de la candidat(e).
COMPETENCES ACQUISES ET/OU A DEVELOPPER
• Connaissance approfondie en bureautique ; connaissance des matériels informatiques et bureautiques Maîtrise des langages de programmation courants en bio-informatique (Python, R, bash…).
• Maitrise d’un gestionnaire de workflow (snakemake, nextflow…).
• Maîtrise des environnements Linux.
• Maîtrise des mises à jour des versions des outils.
• Maîtrise des bonnes pratiques de développement logicielles : versioning, documentation, intégrations continue.
• Connaissances de base en biostatistiques.
• Bonne compréhension des bases de biologie moléculaire.
• Capacité de synthèse et qualités didactiques.
POSITIONNEMENT ET COMMUNICATION ATTENDUS
• Communication, travail en équipe, adaptation au changement.
• Développements en partenariat avec :
- Les biologistes du pôle
- Les ingénieurs de la plateforme de génétique moléculaire des cancers, du plateau de biologie moléculaire, de microbiologie
- Les informaticiens du CHU
- La cellule qualité du pôle
- Les stagiaires Master 1 et 2
MOYENS MIS A DISPOSITION
• Bureau équipé : ordinateur, téléphone, fax, copieur, scanner
• Serveurs informatiques.
• Télétravail possible.
PROFIL
Diplôme : Master 2 de bio-informatique ou équivalent
Expérience : appréciée
Les + du CHU de Besançon
- Accès en TRAM et bus
- Restaurant collectif
- Salle de sport - Bibliothèque
- Crèche pour les enfants du personnel
- CGOS (prestations sociales et loisirs)
- Amicale des hospitaliers