Mots-Clés
pipeline
scRNAseq
Description
Le Hub de bioinformatiques est une équipe dont la mission est d’apporter un support en biologie computationnelle aux unités de recherche et plateformes de l’institut Pasteur. Au sein de cette équipe le groupe FUNOMICA participe à l’analyse de données génomiques à l’aide de techniques de séquençage haut débit.
Les techniques haut débit d’analyse de données génomiques / transcriptomiques en cellules uniques ont pris une part importante au sein de l’institut Pasteur.
L’objectif du stage sera d’établir un pipeline d’analyse de données en cellules uniques s’adaptant aux différentes techniques utilisées au sein de l’institut.
- alignements, démultiplexage, quantifications
- production de rapport de qualité
- si le temps, interface utilisateur
Ce stage impliquera de développer des scripts et de les rendre utilisables dans un pipeline général (nexflow, snakemake ou conteneurs par exemple), utiliser des logiciels fonctionnant en ligne de commandes dans un environnement Linux (cluster de calcul).
L’étudiant sera encadré par Yann Loe-Mie, ingénieur de recherche au Hub au sein du groupe FUNOMICA mais pourra profiter de l’expertise d’autres ingénieurs du HUB (allant des statistiques au développement de logiciels).
Le stage sera d’un minimum de 2 mois (rémunéré) mais peut s’adapter aux différentes modalités de l’établissement de l’étudiant (durée, dates).
Profil recherché :
Étudiant M1 ayant un intérêt pour les technologies haut débit sur cellule unique
Un intérêt pour le développement de pipeline.
Connaissances générales en biologie moléculaire
Connaissances des environnements Unix et de l’utilisation d’un cluster de calcul
Bonnes pratiques de programmation.
Hub de bioinformatique de l’institut Pasteur :
https://research.pasteur.fr/fr/team/bioinformatics-and-biostatistics-hub/